hiv-1

高斯优化

24 /home/databank/zzy/g16/koff-pdbbind/hiv-1


################### do.sh ##################################################################
for i in {1..4}; do
  a=$((i * 10))
  b=$((a - 9))
  for sys in $(head -n "$a" index_39_hiv1_sys | tail -n 10 | awk '{print $2}'); do
    mkdir -p "hiv1_sys_${b}-${a}"
    cp -r "../dataset_initial/${sys}" "hiv1_sys_${b}-${a}"
  done
done
###########################################################################################


# 操作记录（更改 sys index 即可）
python check.py -i /home/databank/zzy/g16/koff-pdbbind/hiv-1/hiv1_sys_1-10/ -t mol2


num=`ls hsp_sys_1-10/|wc -l`
date | sed "s/^/system_1-10: ${num} g16 jobs submitted on /" >>nohup.out
nohup python lig_parameter_cal.py -i /home/databank/zzy/g16/koff-pdbbind/hiv-1/hiv1_sys_1-10/ -t mol2

报错体系记录

• 需要按照 after_md 里的mol2进行修改

24 /home/databank/zzy/g16/koff-pdbbind/hiv-1/error-fix

蛋白结构清洗

# v100 /home/databank/zzy/project/koff/pdbbind_dataset/hsp90/initial_structure/clean_system
# 从 g16_raw 文件夹中把 高斯优化完成的体系 复制过来并命名为 systemX 的形式
# 原始pdb文件去除氢原子，pdb2pqr 在pH=7预测质子化状态
for i in {1..10};do sys=`sed -n "${i}p" index_89_hsp90_sys|awk '{print $1}'`;name=`sed -n "${i}p" index_89_hsp90_sys|awk '{print $2}'`;cp -r ../g16_raw/${name} ${sys};mv ${sys}/*pdb ${sys}/with_H.txt;awk '$12!="H"{print}' ${sys}/with_H.txt >${sys}/${sys}_raw_noH.pdb;pdb2pqr30 ${sys}/${sys}_raw_noH.pdb ${sys}/${sys}.pqr --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7 --pdb-output ${sys}/${sys}.pdb;rm ${sys}/${sys}_raw_noH.pdb;rm ${sys}/${sys}.log;done

MD 自动化处理

# v100 /home/databank/zzy/project/koff/pdbbind_dataset/hsp90/initial_structure/MD_auto_workdir
# 总控脚本去除了 第一步的高斯优化
# 总控脚本注释了 最后一步的预平衡，改为手动提交
# 预平衡脚本调用3个GPU
source ~/zzy/gmx2024.4-gpu.sh
source ~/xcy/env/amber24.sh
export OMP_NUM_THREADS=10
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1,2


# v100上 3块GPU，一次只能交3个任务
for i in {1..3};do cp -r ../clean_system/system${i} ./;cp -r ../mdp/ system${i};done
# 因为输入文件是mol2，atom_name_check 脚本要修改（已完成）
# 确认力场（md_parm_gen.py），溶剂立场更改后，要记得更改 solvatebox 参数 


python total_control-v2.py 1
# 成功完成
# npt3.gro 检查无误

整理结果

# 85.9 /home/databank/zzy/project/koff/pdbbind_dataset/hsp90/initial_structure/MD_auto_finished
# 前期编写了结果处理脚本，将 MD_auto_workdir 里的所有输出文件都删除/转移
# 同时记录体系录入的时间
bash do.sh


# 注意存储空间
df -h