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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • 轨迹处理&分析
    周期性处理 gmx -pbc mol -ur compact （-s 接tpr）（配位离子需要保留，保留溶质组）（保留输出轨迹） output file 命名：dry.xtc cpptraj autoimage （parm prmtop）（保留输出轨迹） output file 命名：dry-autoimage.xtc RMSD 大致检查周期性处理情况 全原子叠合 全原子计算 gmx
    MD 2025-09-09 14:58:01    zhouzhaoyin
  • 进度记录
    体系挑选 体系准备 v100 /home/databank/zzy/project/D3PM 0707 v100 /home/databank/zzy/project/D3PM/0630 # 对应的5对体系已完成准备,tpr已生成（75.3） MD任务 75.3 /home/data/zyzhou/project/D3PM/0630-5apo-system/1um_cmd/
    MD 2025-09-08 18:26:29    zhouzhaoyin
  • 体系标注
    ' 这个标注的意义，根据我们之前的讨论，我的理解是：先挑选一批简单的，没什么额外考虑的体系先跑起来，目前总结的，需要考虑的额外因素有： 1. 体系中的离子，如果apo，complex口袋中一个又一个没有，或者数量不一样，保留还是去除； 2. 配体的带电情况（主要是核苷类似物），前期发现带磷酸的配体真空高斯优化经常通不过（水里可以通过），这会带来误差，因此这部分体系像后续做一次集中讨论； 3.
    MD 2025-09-08 18:25:53    zhouzhaoyin