无标题
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这个标注的意义,根据我们之前的讨论,我的理解是:先挑选一批简单的,没什么额外考虑的体系先跑起来,目前总结的,需要考虑的额外因素有:
1. 体系中的离子,如果apo,complex口袋中一个又一个没有,或者数量不一样,保留还是去除;
2. 配体的带电情况(主要是核苷类似物),前期发现带磷酸的配体真空高斯优化经常通不过(水里可以通过),这会带来误差,因此这部分体系像后续做一次集中讨论;
3. 修饰氨基酸(目前见得最多的是 MET修饰为MSE),是全部改为修饰前还是保留(尤其是apo,complex一个修饰一个不修饰的情况);
4. 突变氨基酸(尤其是apo,complex一个突变一个野生型的情况,而且都不在口袋);
5. 二硫键(相对好搞,就是要后续写代码)。
简单体系指的是上述5个问题都无需考虑的体系(apo,complex 均无修饰氨基酸,无突变,无离子或在在口袋外,配体带点状态确定(中性))
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