轨迹处理&分析

周期性处理

gmx -pbc mol -ur compact （-s 接tpr）（配位离子需要保留，保留溶质组）（保留输出轨迹） output file 命名：dry.xtc

cpptraj autoimage （parm prmtop）（保留输出轨迹） output file 命名：dry-autoimage.xtc

RMSD

大致检查周期性处理情况

全原子叠合

全原子计算

gmx rms （算溶质的rms）

apo/complex 口袋RMSD

ref 为complex的初始结构（crystal）口袋氨基酸

rmsd 计算使用 backbone 来叠合（fit）

计算 rmsd值仅考虑重原子

看apo 1*3 um 内是否出现与complex 接近的构象（rmsd接近0 的构象占比）

看complex 的 rmsd曲线

关键差异氨基酸RMSF

按D3PM 库中标注的最大差异氨基酸为准

先按照配体，选择周围（即口袋）氨基酸计算RMSF

半柔性对接中蛋白构象对晶体结构复现的影响

期待结果：

apo晶体结构无法复现配体结合构象
蛋白构象（口袋的正确结构）引起的对接打分差异

测试

75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/1um_cmd_12A/batch2

# 检查轨迹的完整性
# 1um是否跑完了
for a in *;do for i in {1..3};do echo "########## $a md$i ##########";grep -A 2 Step ${a}/md${i}/*log|tail -n5;done;done


# 轨迹文件是否完整