vsREMD的安装与使用
安装所需文件
更改gromacs-5.1.4-lywu/src/programs/mdrun目录下的repl_ex.cpp文件
- #22212
- #/home/jawang/software
- mv gromacs-5.1.4.tar.gz gromacs-5.1.4-lywu.tar.gz
- tar -zxvf gromacs-5.1.4-lywu.tar.gz
- mv gromacs-5.1.4 gromacs-5.1.4-lywu
- cd /home/jawang/software/gromacs-5.1.4-lywu/src/programs/mdrun
- rm repl_ex.cpp
编译GROMACS-vsREMD
- cpu
- #22212
- #/home/jawang/software
- cd gromacs-5.1.4-lywu
- mkdir build
- cd build
- cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=ON
- -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/data/software/vsremd-lywu
- -DGMX_SIMD=SSE2
- make -j 48
- make install
- 遇到的报错
- CMake Error at cmake/gmxManageSimd.cmake:67 (message):
- Cannot find AVX2 compiler flag. Use a newer compiler, or choose AVX SIMD
- (slower).
- Call Stack (most recent call first):
- cmake/gmxManageSimd.cmake:285 (gmx_give_fatal_error_when_simd_support_not_found)
- CMakeLists.txt:648 (gmx_manage_simd)
- 不是CPU是否支持AVX2的问题，是你的系统里的编译器太老，不支持对AVX2优化，也不支持相应选项
- 改成AVX_256
- -DGMX_SIMD=SSE2 可以解决22212上的error
- 每次都按照报错信息推荐的进行更改，22212可能版本比较老，与其他服务器上也不一样