MD-复合物体系准备
1. 生成amber参数
- source oldff/leaprc.ff14SB
- source leaprc.gaff
- loadAmberParams frcmod.ionsjc_tip3p
- loadAmberParams frcmod.ions234lm_1264_tip3p
- loadamberparams 0415.frcmod #载入参数化文件
- loadamberprep 0415.prep
- mol=loadpdb test.pdb #载入小分子 ，tleap会自动加氢
- pro=loadpdb 6lk0.pdb
#构建复合物体系（小分子，蛋白质分开存储，输出可视化pdb）
- com=combine {pro mol}
- saveamberparm pro pro.prmtop pro.inpcrd
- saveamberparm mol lig.prmtop lig.inpcrd
- saveamberparm com native.prmtop native.inpcrd
- savepdb com com-look.pdb
- charge com
- solvatebox com TIP3PBOX 10
- addionsrand com Na+ 83 Cl- 74
#计算电荷（检查，有浮点数无妨）
- charge com
#存储加水体系，可视化检查
- saveamberparm com complex.prmtop complex.inpcrd
- savepdb com com.pdb
2. amber参数转gromacs参数
- import parmed as pmd
- amber = pmd.load_file('complex.prmtop','complex.inpcrd')
- amber.save('topol.top')
- amber.save('gromacs.gro')
#修改topol.top文件
- vi topol.top
- :1,$s/WAT/SOL/g
- :1,$s/system1/Protein/g
:1,$s/Na+/NA /g:1,$s/Cl-/CL /g- #sp2杂化的碳原子也是NA
moleculetype MOL
- ; Include Position restraint file
- #ifdef POSRES
- #include "posre.itp"
- #endif
- 在小分子坐标结束和离子开始前添加以下内容
- ; Include Position restraint file
- #ifdef POSRES
- #include "posre2.itp"
- #endif
- :1,$s/WAT/SOL/g
:1,$s/Na+/NA /g:1,$s/Cl-/CL /g
- gmx_mpi make_ndx -f gromacs.gro -o index.ndx
- gmx_mpi genrestr -f gromacs.gro -n index.ndx -o posre.itp
- 1
- gmx_mpi genrestr -f gromacs.gro -n index.ndx -o posre2.it1p #限制小分子
- 17
3. 调整体系
3.0 更改环境变量
- cp~/lywu/lywu.sh ./
- source lywu.sh
- which gmx_mpi
3.1 能量最小化 （cpu）
- gmx_mpi grompp -f minim.mdp -c gromacs.gro -p topol.top -o em.tpr
- mpirun -np 100 gmx_mpi mdrun -v -deffnm em
- -np 后面跟的是用的核数，top检查目前可用的数量，与师兄师姐商量后决定
3.2 平衡
- gmx_mpi grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr
- mpirun -np 100 gmx_mpi mdrun -v -deffnm nvt
3.3 升温
- gmx_mpi grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr
- mpirun -np 150 gmx_mpi mdrun -v -deffnm npt
- 这一步生成的npt.gro 可后续提交vsREMD（作为初始构象）