MMGBSA

MMGBSA算结合自由能

  • MMGBSA
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  • nohup mpirun -np 50 MMPBSA.py.MPI -O -i ../mmgbsa.in -o final.dat -cp ../native.prmtop -rp ../pro.prmtop -lp ../lig.prmtop -y rep-c0.xtc -eo mmgbsa.csv &
  • MMPBSA.py.MPI 应该是内置的（不需要对应文件）
  • mmgbsa.in 可在该路径下找到：
  • /home/dddc/zzy/trip13/analysis/error-0415/mmgbsa（服务器22223）
  • native.prmtop pro.prmtop ig.prmtop 是amber cmd 生成的参数文件


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