作图流程

RGB配色表

set_color mycol1, [feature1R, feature1G, feature1B]
set_color mycol2, [feature2R, feature2G, feature2B]
# color all alpha Carbons to mycol1:
color mycol1, n. CA
# color all backbone Nitrogens to mycol2:
color mycol1, n. N

常用命令

png 3tkm-bbr.png, 15cm, 15cm, dpi=300

select site, byres resn HEP around 10
site为选中后所有原子的命名，可以自己定义；
byres指选中的是残基，不加该参数则默认选中的是原子；
resn HEP是指选中的残基名称为HEP，根据自己结构中的配体残基名称修改即可；
around 10是指在指定残基的10埃范围内选中残基，设置该参数时选中的残基不包含指定残基本身，如若想包含指定残基本身可以将around替换为expand。

create mol，pdb ligand