docking步骤
第一步：在pdb蛋白库中选择适合体系的蛋白质晶体结构
第二步：将晶体结构中的小分子扣出，和蛋白进行对接，如果小分子的构象和原来的晶体结构里的构象相差不大（一般默认rmsd<0.2）,那么我们认为可以用该模型去做对接实验
第三步：打开薛定谔Glide模块去对接
3.1小分子配体的优化：输入小分子配体结构（sdf或mol2格式），选择力场，设置pH值（7.4）进行优化
3.2蛋白准备：导入蛋白结构（pdb格式），对蛋白的侧链丢失信息、原子位置冲突信息等进行补全优化，对蛋白加H，对蛋白加力场优化，去除对接口袋的水
3.3对接盒子准备（通俗的说就是在口袋位置设置一个框架，保证小分子在框架里对接）：选中口袋位置，调整大小（确定能包含小分子进去），会生成一个grid.gz文件
3.4对接：用之前的生成的优化的小分子文件 和 处理对接盒子的文件（grid.gz）进行对接，配体采用柔性的，对接精度选择sp（对接精度一般有sp标准精度，xp超标准精度，xp耗时长，一般sp能解决大多数问题，对接模式就只是一个选择按钮，软件自己运行即可）
第四步：处理对接结果：等候会看对接分数，然后看相互作用残基（在pymol里进行可视化），作图