chenyuanjie @chenyuanjie

The integration of machine learning into traditional Chinese medicine（医研三人行） 杭州师范大学团队发表在journal of pharmaceutical analysis 杂志，影响因子6.1 A KG-Enhanced Multi-Graph Neural Network for Attentive Herb Rec

体系--一个空蛋白的vsremd试验流程流水，供参考，可修改 在23上跑的，有些需要去24上处理再转到23上 vsREMD学习/amber-ff19sb\opc 质子化 conda activate pdb2pqr pdb2pqr30 4ztb-a.pdb 4ztb-a.pqr --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.5 --pdb-output 4z

Tanimoto系数（Tanimoto Coefficient） - JackYang - 博客园 (cnblogs.com) 【2.7.2】集合相似性--谷本系数（Tanimoto Coefficient） - Sam' Note T=交集/并集 取值范围[0,1] 越大越相似 化合物数据集： smiles----描述符Morgan等----降维----可视化

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TEAKKI教程： MD-复合物体系准备 科研技能分享的： 第3期-分子动力学操作 中文教程 GROMACS教程：漏斗网蜘蛛毒素肽的溶剂化研究：Amber99SB-ILDN力场|Jerkwin CMD/REMD/VSREMD差别: MD (分子动力学模拟): MD是一种基本的分子模拟方法，用于模拟原子或分子在一定时间范围内的运动轨迹。 在MD中，通过牛顿方程和势能函数来模拟系统中粒子的

20241113 备份工作多份，如电脑、硬盘、云笔记等 结果可复现 （代码尽量有注释，以保证自己以后可以看得懂。一些代码可传到国内代码仓。在记录中，注意软件版本信息、MD的in文件 md.mdp等文件可以将轨迹处理成隔长点时间的轨迹，一些数据源的版本号，数据处理流程。模型的话要保存pkl文件，）

teakki技能分享教程： 第3期-分子动力学操作 分子动力学操作（GROMACS) 教程来源： GROMACS教程：漏斗网蜘蛛毒素肽的溶剂化研究：Amber99SB-ILDN力场|Jerkwin 原始文档来自 John E. Kerrigan(jkerriga@rutgers.edu, kerrigje@umdnj.edu) 一些关于分子动力学的知识 mkdir –p your_di

smina smina --seed 1 --config ../conf0.txt -r ../rep.c0.pdb -l ../test-ligprep-out.sdf -o test.pdb smina进行多个小分子对接时候，结果文件生成pdb或sdf 打分结果一样，但pdb形式的在pymol打开可能是一下情况（我试的几次都是），但sdf的正常。 只对接一个小分子的时候，结果文件是