vsremd试验流程

体系--一个空蛋白的vsremd试验流程流水，供参考，可修改

conda activate pdb2pqr
pdb2pqr30 4ztb-a.pdb 4ztb-a.pqr --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.5 --pdb-output 4ztb_out.pdb
conda deactivate
##7.5为实验的ph

tleap
source oldff/leaprc.ff19SB
source leaprc.gaff
##ff19SB是蛋白模拟的力场，gaff是小分子模拟的力场
#ff19sb力场24服务器上

24服务器上

质子化：

conda activate pdb2pqr
pdb2pqr30 4ztb-a.pdb 4ztb-a.pqr --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.5 --pdb-output 4ztb_out.pdb
conda deactivate

amber参数

加载力场

tleap
source leaprc.protein.ff19SB
source leaprc.gaff

• source leaprc.gaff，我实验的体系没有配体小分子，因此这里划掉。下面步骤还有划掉的，原因也是这

加载水

loadAmberParams frcmod.ionsjc_tip3p 
loadAmberParams frcmod.ions234lm_1264_tip3p 
source leaprc.water.opc

加载小分子参数

loadamberparams 0415.frcmod 
loadamberprep 0415.prep

定义加载蛋白

mol=loadpdb test.pdb #载入小分子 ，tleap会自动加氢
pro=loadpdb 4ztb_out.pdb

构建蛋白-化合物体系

1.com=combine {pro mol} 
#将蛋白质和配体合并成一个新的分子。pro 和 mol 是两个分子的名称，combine 是 TLEAP 中用于合并分子的命令，而com 是合并后的新分子的名称。
2.saveamberparm pro pro.prmtop pro.inpcrd
#将蛋白质的拓扑文件（.prmtop）和坐标文件（.inpcrd）保存到磁盘上。pro 是蛋白质的名称（前面已经定义过了），pro.prmtop 是保存蛋白质拓扑参数的文件名，pro.inpcrd 是保存蛋白质坐标的文件名
3.saveamberparm mol lig.prmtop lig.inpcrd 
#配体的
4.savepdb com com-look.pdb 
#将合并后的分子结构保存为 PDB 格式的文件。com 是合并后的分子的名称，com-look.pdb 是保存的 PDB 文件名

计算电荷

charge pro 

添加溶剂

solvateBox pro OPCBOX 12.0

报错

加离子

addionsrand com Na+ 83 Cl- 74 
改：
addionsrand pro Na+ 40 Cl- 55 
###为什么加40个NA和55个CL而不是只加15个CL呢？
可能是需要保持150nM的浓度

计算电荷(中性)

charge com 
charge pro

存储水体系，可视化检查

saveamberparm com complex.prmtop complex.inpcrd 
savepdb com com.pdb 
改：
saveamberparm pro pro-sol.prmtop pro-sol.inpcrd 
savepdb pro pro-sol.pdb 

amber转gromacs

进入python

import parmed as pmd 
amber = pmd.load_file('complex.prmtop','complex.inpcrd') 
 #  加载两个文件，一个是complex.prmtop，包含了分子的拓扑信息（原子类型、键连接等），另一个是complex.inpcrd，包含了分子的坐标信息（原子的三维坐标）。这两个文件通常是由AMBER软件生成的。加载完成后，将结果赋值给变量amber。
amber.save('topol.top')  
amber.save('gromacs.gro') 
改：
import parmed as pmd
amber = pmd.load_file('pro-sol.prmtop','pro-sol.inpcrd')
amber.save('topol.top')
amber.save('gromacs.gro')

修改topol.top文件

vi topol.top 
:1,$s/WAT/SOL/g 
:1,$s/system1/Protein/g 
:1,$s/Na+/NA /g 
:1,$s/Cl-/CL /g 
 #sp2杂化的N原子也是NA

修改gromacs.gro文件

vi gromacs.gro
:1,$s/WAT/SOL/g 
60040 substitutions on 60040 lines 
:1,$s/Na+/NA /g 
80 substitutions on 40 lines
:1,$s/Cl-/CL /g 
110 substitutions on 55 lines

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