经验+
smina
smina --seed 1 --config ../conf0.txt -r ../rep.c0.pdb -l ../test-ligprep-out.sdf -o test.pdb
smina进行多个小分子对接时候，结果文件生成pdb或sdf 打分结果一样，但pdb形式的在pymol打开可能是一下情况（我试的几次都是），但sdf的正常。
只对接一个小分子的时候，结果文件是pdb或者sdf的在pymol中打开均正常。
chendraw
画的结构没有问题但是chem3d打开转动后结构变了或者错误，
可以进行一步 3Dclean up(structure---3Dclean up)
比如结构