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Gaussian&GaussianView
GaussianView g16对应GV6,g9对应GV5,不能对应错误 GV6: https://getintopc.com/softwares/design/gaussview-6-0-16-free-download/ 注册码:V64128473351848W-5826N 压缩包密码:123 teakki总是无法下载,原网站下载很慢,要翻墙。 Gaussian 从现有服务器上,找到g
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2024-08-30 08:27:22
hanzijian
设置有效位数 set label_distance_digits, 2
教程
2024-08-22 15:09:04
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教程说明
由于teakki容易因误操作导致永久丢失文档,文件和图片时常无法加载或下载,我已转用线下markdown软件vnote。teakki将只登记目录和更新信息,原有内容不再更新。如有需要可联系我发教程!
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2024-07-18 09:22:32
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分子对接(虚筛)
Maestro对接与虚筛 更新: 20240718 对原有语病和错误进行修改,加入了更多对新手友好的描述 20231103 编写了教程 Maestro共价对接 20231103编写了教程 课题组内称化合物送样 20231209编写了教程
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2024-07-18 09:21:19
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静电势图
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示) - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com) 1.实验原理 使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com) 分子范德华表面的定义非常多,最常用的是Bader的
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2024-06-27 10:18:30
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拟合RESP电荷、力场参数
1.Gaussian计算 需要准备的是小分子gjf文件(mol,sdf等,GV打开也可保存为gjf) 1.1传统gjf文件 下面是老版的,可以用,也可以用新版的,往后翻。 gjf文件加开头结尾,最终类似下面: %mem=4GB %nproc=4 # opt hf/6-31g(d) geom=connectivity pop=mk iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1)
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2024-06-15 16:02:13
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Glide共价虚拟筛选
1.前言 2.体系准备 配体部分按《Glide虚拟筛选》反应前的准备 3.共价对接 Covalent Docking 如果没有找到需要的反应类型,可以选择从官网下载其他反应类型,并从外部读入: https://www.schrodinger.com/science-articles/covdock 注意,这里设置好以后要在左侧列表中多选选中对接体系和准备好的分子,再run
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2023-12-11 10:10:14
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ONIOM优化(QM/MM)
1.蛋白前处理 PDB网站获得的结构往往发生残基缺失,需要进行补全,或者使用同源建模的结构。尽管同源建模和晶体结构RMSD很小,实际上有很多残基都会发生一定角度的偏离,有时可能会造成结果的定性错误。因此补全晶体结构的好处是结构更准确,但操作繁琐。使用同源建模操作简便,但可能带来误差。在实际情况中,有些问题可以使用同源建模(比如根本没解析晶体结构,就是希望引入偏差),有些问题则更建议使用晶体结构。
教程
2023-12-04 11:10:12
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