Gaussian&GaussianView

GaussianView

g16对应GV6,g9对应GV5,不能对应错误
GV6:
注册码:V64128473351848W-5826N
压缩包密码:123
teakki总是无法下载,原网站下载很慢,要翻墙。

Gaussian

从现有服务器上,找到g16的文件夹,直接复制粘贴到需要安装的服务器的某文件夹下(比如也是g16)。 
  • vi ~/.bashrc
添加环境路径,路径写安装的路径:
  • export g16root=/home/...
  • export GAUSS_SCRDIR=/home/...
  • source /home/.../g16/bsd/g16.profile
g16root写到g16的上一级文件夹
GAUSS_SCRDIR指定一个自己创建的文件夹,用来存放计算的临时文件,如果不指定,临时文件将存放在提交gjf文件的位置。指定临时文件夹的好处是没有乱七八糟的文件在自己文件夹中(尽管计算结束会自动删除),坏处是对于kill掉的程序不会自动删除,需要手动去清理,否则日子久了硬盘会满。

报错

1.权限不足

完成配置后source,报错: 
  • /home/lywu/software/g16/gau-machine: Permission denied
权限不足,进入g16文件夹:
  • chmod 750 -R *

2.CPU不兼容

运行gjf文件进行测试,报错,log文件终止,nohup文件报错:
  • Error: Fastmath dispatch table is corrupt
或者有其他的关于CPU的提示,原因是新的CPU,尤其是AMD的,与Gaussian不兼容,环境变量需要添加:
  • export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge
如果运行高斯时文件夹内没有出现临时文件,说明保存在其他指定文件夹,需要定期清理以避免磁盘空间不足。
vi ~/.bashrc查看环境变量中高斯的临时文件保存目录
ls | grep -v 12402 | xargs rm 删除包含12402字符的文件名以外的文件
rm -f *