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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间
  • DrugBank数据库整理
    数据库整理 2024-07-08 15:35:34    liaoqingyi
  • Smina对接记录
    服务器22202-zjxu 1、受体准备 #激活pdb2pqr环境蛋白质加氢加电荷生成pqr文件 conda activate pdb2pqr pdb2pqr_cli --ff=amber --ffout=amber --with-ph=7.4 pro.pdb pro.pqr #激活mgltools环境合并非极性氢生成受体的pdbqt文件 conda activate mgltools prepa
    对接 2024-03-07 15:05:08   
  • 常用代码
    1、批量将smile文件转成sdf文件 小分子高通量格式转换SMILES to SDF - 知乎 (zhihu.com) notebook/convert smiles to sdf.ipynb at main · quantaosun/notebook · GitHub
    常用代码 2024-03-04 13:53:42    liaoqingyi
  • MMGBSA
    MMGBSA算结合自由能 MMGBSA nohup mpirun -np 50 MMPBSA.py.MPI -O -i ../mmgbsa.in -o final.dat -cp ../native.prmtop -rp ../pro.prmtop -lp ../lig.prmtop -y rep-c0.xtc -eo mmgbsa.csv & MMPBSA.py.MPI 应该是内置的（不需
    MD 2024-01-24 16:50:15    tianyaxin
  • MD-复合物体系准备
    1. 生成amber参数 #进入tleap #加载力场 source oldff/leaprc.ff14SB source leaprc.gaff #加载水体系 loadAmberParams frcmod.ionsjc_tip3p loadAmberParams frcmod.ions234lm_1264_tip3p #加载小分子参数 loadamberparams 0415.
    MD 2023-07-03 15:54:10    hanzijian
  • vsREMD-复合物体系案例
    trip13-0415体系准备 1. lig（0415）pre 1.1 获取三维结构（ligprep/chem3D) # 这个三维结构需要有氢（本地ligprep生成） 1.2 使用antechamber生成配体小分子参数（服务器：cpu256） antechamber -i 0415.pdb -fi pdb -o 0415.gjf -fo gcrt antecham
    MD 2023-06-19 16:01:08    liaoqingyi
  • cMD(普通MD）-amber
    常规MD学习（转自建芳师姐） 采用蛋白质：pdb id: 5wc2 参数文件：density.in heat.in md.in min.in 蛋白质处理 需要先对蛋白质进行质子化预测： #激活pdb2pqr: （gp4n) conda activate pdb2pqr预测 #质子化 pdb2pqr30 ${protein}.pdb ${protein}.pqr --ff
    MD 2023-06-19 16:01:08    liaoqingyi
  • 3nhe的min1构象的MMGBSA
    2022年5月19日 转建芳师姐的笔记 配体小分子处理 #22220 antechamber -i ICU30.mol2 -fi mol2 -o lig.gif -fo gcrt #修改lig.gif --Link1-- %chk=molecule %mem=4GB %nproc=8 #B3LYP/6-31G scrf=(solvent=water) SCF=tight
    MD 2023-06-19 15:35:50    liaoqingyi