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石禹龙 @ylshi2018

DDDC-朱维良课题组

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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间
  • 分子对接（Smina/Vina/Glide）
    --石禹龙 Smina (Linux） Smina: 基于Autodock Vina的对接程序，用法和Vina十分相似 一. 配体准备 采用mgltools生成配体的pdbqt格式文件： conda activate mgltools prepare_ligand4.py -l ligand.mol2 -o ligand.pdbqt 二. 受体准备 用pdb2pqr给蛋白质质子化，生成p
    计算教程 2024-09-02 14:06:34    huzhengtao
  • Excel中根据SMILES添加分子结构图片
    #注：Excel中SMILES所在列名称需为'SMILES' #yulong.shi #2024.02.20 import pandas as pd import xlsxwriter import openpyxl import os from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Draw
    计算教程 2024-02-20 11:24:10    ylshi2018
  • 给评委老师发邮件
    一.邀请参加答辩 尊敬的沈敬山研究员： 您好！ 我是来自中国科学院上海药物研究所的博士研究生石禹龙，导师为朱维良研究员。非常感谢您能来参加我与马敏斐、韩家鑫、杨英豪的毕业答辩，答辩时间暂定于2023年5月20日上午8:30，答辩地点为上海药物研究所研究生第二教室。后续相关安排我会及时告知您。 附件是我们四位学生的学位论文和学位论文评阅书电子版。希望可以得到老师的进一步指导，
    毕业答辩经验 2024-02-20 11:04:09    ylshi2018
  • 药物设计软件
    分子对接（非共价） Autodock Vina Smina Glide Vinardo 分子对接（共价） CovDock（薛定谔自带，很好用） AutoDock（效果不太好，半手动） CovalentDock（22202服务器上已安装）
    常用软件汇总 2023-06-02 14:24:05    ylshi2018
  • 毕业论文撰写+答辩会议
    介绍几个主要注意点，其他的认真看通知要求 论文撰写注意点： EndNote插入的参考文献需要逐一检查修改，例如期刊是否全称，标题是否仅首字母大写（部分专有名词也需要大写，例如RNA、Mpro等）。 续表位置。有时修改了文本，导致续表位置改变。 查重时会考虑自引率，实际显示为去除自引率后的查重率。 在首次插入图片前，建议在选项那里设置为高保真高dpi参数，不然图片比较糊。 答辩前可以打印论
    毕业答辩经验 2023-06-02 14:22:46    ylshi2018
  • 常用科研小技能
    1. 如何让PPT导出的图片分辨率达到300 dpi？ 亲测可行：http://www.360doc.com/content/18/0621/17/7669533_764184334.shtml 图片很清楚，图片大小也很小，建议设置为600dpi。 更改PPT输出图片默认分辨率 1. PowerPoint2019版本 2. win + R 输入regedit，确定 3. 找到目录：计算机\
    常用科研小技能 2023-06-01 18:35:25    ylshi2018
  • 口袋双共价残基体系筛选
    #双共价，要求1.有CYS；2.CYS周围存在有含-OH,-SH，-NH2，-COOH的氨基酸 #用于检测可形成双共价键的cys, ser, thr, asp, glu, lys, gln, asn，同时要求这些氨基酸处于溶剂区，能与小分子接触 #USAGE: python3 covalent_site_detection.py #输入文件：蛋白质pdb文件和配体sdf文件 from
    科研脚本 2023-04-23 13:09:24    ylshi2018
  • 常用数据库或网站
    --石禹龙 药物所软件下载网站（Office等）：http://ca.simm.ac.cn/ 账号密码大概是课题组长的身份证号 靶标-化合物数据库 RCSB PDB 蛋白质晶体结构数据库，除此之外还有pdbe和pdbj。 SAbDab（Structural Antibody Database） 从PDB收集抗体晶体结构的数据库 UnitProt UniProt是 Universal P
    常用软件汇总 2023-02-28 16:28:20    ylshi2018