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  • 课题思路
    由于最后挑出来做MD以及活性测试的两个化合物（Procyanidin与Betulinic acid）不在许海玉老师组测出来的入血成分里，故整篇文章就不提 入血成分了。 12.3 做MD以及活性测试的两个化合物为Procyanidin与Betulinic acid（Glabranin太贵了，不买了） 已下单购买（毕得医药） 开始进行网药分析
    HSBD 2024-12-03 15:43:16    zhouzhaoyin
  • 11.26 整理思路
    垂直结构 AI-sim-Dock # 85.12 /home/zjxu/xbzhang/2019-nCov-final/D3Similarity/D3Similarity-yqyang # AI 筛选出了20个靶点，其中很多实际上都不是SARS-Cov-2的，这20个里面有9个sim库里也有 # 手动选出这9个靶点 from-ai-to-smi-target.lst for i in
    HSBD 2024-12-03 15:31:53    zhouzhaoyin
  • 12.3 送测活性
    TCMID-19532 Procyanidin (base) [zjxu@R820 buy]$ grep "Oc1cc(O)c2c(c1)O[C@@H](c1ccc(O)c(O)c1)[C@@H] (O[C@@]1(c3ccc(O)c(O)c3)Oc3cc(O)cc(O)c3[C@@H](O)[C@@H]1O)C2" etcm-compounds-smi.csv:TCMIP-I-33950
    HSBD 2024-12-03 15:28:38    zhouzhaoyin
  • 12.2 MD
    初始构象：D3Docking结果 # 找到最高打分对应的复合物结构（靶点-口袋） # 172.21.85.12 /home/zjxu/zzy/hsbd/dock/1129/complex # 以 TCMID-27473 为例 # ORF1ab_819-2763_Papain-like_proteinase+Dimer-TCMID-27473.txt 记录了每个口袋的打分 # P
    HSBD 2024-12-02 22:10:17    zhouzhaoyin
  • 0703 choose system
    待选化合物: TCMID-27473： 结构 # 172.21.85.12 /home/zjxu/zzy/hsbd/dock/d3S-36mol/0702-2pro/analysis (base) [zjxu@R820 analysis]$ sort -t ";" -k 5,5n result.txt |head -n 100|awk -F ';' '{print $2}' |sort|u
    HSBD 2024-11-30 09:05:52    zhouzhaoyin
  • 9.25 SMD test
    9.24 的测试中发现了一些问题： 首先，之前的SMD指定了牵引的维度（z轴），这样可以将配体拉的更远一些，因为牵引距离不得超过盒子大小的一半的这个距离是按照这个来定义的，三个维度都放开肯定比一个维度值更大，换言之，更快的到达牵引距离限度。但是可视化检查了一下，欧几里得距离达到盒子大小的一半足够了（30nm左右），根据师姐目前PMF测试的结果，低能点在10-15A，高能点在20-25附近，足够了。
    MD 2024-11-28 14:32:16    zhouzhaoyin
  • 11.26 补充实验
    全库对接 如果要做的话，需要把12上的D3Targets转移到23或者24这样CPU多的服务器上，狠狠的跑一段时间 85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/D3Targets-dock # 11.26 看一下怎么交全库对接任务
    HSBD 2024-11-26 21:45:04    zhouzhaoyin
  • 0701 D3Similarity done
    总结 相似性搜索中： 输入了化湿败毒方中 1878个 化合物（输入1894个，16个报错），与32个靶点的617个阳性化合物进行比较 发现有36个化合物与抗新冠的阳性化合物有超过90%的二维相似性，来源于5个靶标 1 3C-like protease 2 Papain-like protease 11 Ca,Na,-exchanging A
    HSBD 2024-11-26 19:47:45    zhouzhaoyin