12.2 MD

初始构象：D3Docking结果

# 找到最高打分对应的复合物结构（靶点-口袋）
# 172.21.85.12 /home/zjxu/zzy/hsbd/dock/1129/complex
# 以 TCMID-27473 为例
# ORF1ab_819-2763_Papain-like_proteinase+Dimer-TCMID-27473.txt 记录了每个口袋的打分



# PDB文件夹里记录了对接原始结果，根据Pocket提取化合物的对接构象
# 将3个体系的最好对接结果转移至 172.21.75.1

MD

生成配体参数

# 172.21.75.1 /home/data/zzy/project/hsbd/lig
1. 获取三维结构（检查质子化情况！)
D3Docking的输出结果是三维结构，但是没有非极性氢。用Schrodinger ligprep(本地2017),从输入的三维结构定义手性中心，pH=7.4。


2. 使用antechamber生成配体小分子参数（75.1）/home/data/zzy/project/hsbd/lig/g16


# ！！！！！！！！！！记得挨个检查电荷哇！！！！！！！
# 26904 带一个负电（羧基），需要手动修改，再在gv里检查
for i in `cat index`;do test -e $i && rm -r $i;mkdir $i;cd $i;antechamber -i ../../2017maestro/${i}.sdf -fi sdf -o $i.gjf -fo gcrt;sed -i '1,3d' $i.gjf;sed -i '1i %mem=4GB\n%nproc=4\n#B3LYP/6-31G* Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) opt' $i.gjf;cd ../;done

# 4090上没找到g16，暂时到23上交任务
# 172.21.85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/g16/
nohup g16 TCMID-19532.gjf &
nohup g16 TCMID-26904.gjf &
nohup g16 TCMID-27473.gjf &

for i in `cat index`;do cd $i;antechamber -i $i.log -fi gout -o $i.prep -fo prepi -c resp;parmchk2 -i $i.prep -f prepi -o $i.frcmod -a y;cd ../;done

蛋白准备

# 蛋白质处理 /home/data/zzy/project/hsbd/pro
# 检查了一下，D3Docking的结果里，蛋白是 质子化后的状态
# 质子化脚本位置 172.21.85.12 /home/zjxu/ylshi/SARS-CoV-2-process
# 尝试了一下，pdb2pqr处理这三个蛋白，两个会报错。tleap可以正常读取，遂不做多余处理，等待配体高斯优化完成后直接tleap


# tleap 如果用D3Docking的原始输出Pdb 作为受体，会报错
# 去85.12 上把对接的输入受体文件下载下来了（pdbqt），后缀改为pdb
# 有缺失的序列！！！！ 12.2 16:47


# /home/data/zzy/project/hsbd/sys-pre/pro/pdb2pqr
pdb2pqr30  ../raw/pdb/ORF1ab_3264-3569_3C-like_proteinase--Dimer.pdb 19532.pqr  --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.4 --pdb-output 19532.pdb
pdb2pqr30  ../raw/pdb/6w9c-Papain-like_proteinase_Trimer.pdb 26904.pqr  --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.4 --pdb-output 26904.pdb
pdb2pqr30 ../raw/pdb/ORF1ab_819-2763_Papain-like_proteinase--Dimer.pdb 27473.pqr  --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.4 --pdb-output 27473.pdb
# 手动删除非蛋白的行（非ATOM开头，通常是 HETATM 开头）

复合物体系准备

gv-check

# /home/data/zzy/project/hsbd/lig/gv
for i in `cat index`;do cp ../g16/TCMID-${i}/NEWPDB.PDB rawg16-${i}.pdb;done
for i in `cat index`;do cp ../../complex-from-d3dock/TCMID-${i}/*sdf d3dock-${i}.sdf;done


# 本地 gv
# gv里分别打开 NEWPDB.PDB（rawg16-${i}.pdb） 与 d3dock-${i}.sdf
打开GV tools-atom list-鼠标点击symbol列-rows-sort selected -拖动鼠标选择所有H-edit-delete-selected atoms），接着仍在atom list中，edit-z matrix-standardize，保存。
得到 g16-gv-${i}.pdb dock-${i}-gv.pdb


# GV里 检查 g16-gv-${i}.pdb 与 dock-${i}-gv.pdb，更改 dock-${i}-gv.pdb （atom list - Tag)，使其Tag 与g16-gv.pdb 完全一致,修改后得到 dock-${i}-gv-checked.pdb


# /home/databank_70t/zzy/people/samuel/20241016-t13-5mol-cmd/sys-pre/gv-check
dos2unix *
sh gv-check-lig.sh


#### "gv-check-lig.sh" 6L, 207C #############################################################
for i in `cat index`
do
grep -v "CONECT" g16-gv-${i}.pdb |cut -b 1-26 > symbol-${i}
grep -v "CONECT" dock-${i}-gv-checked.pdb | cut -b 29-78 > coordinate-${i}
paste -d " " symbol-${i} coordinate-${i} > lig-${i}.pdb
done
#############################################################################################

tleap

# 172.21.75.1 /home/data/zzy/project/hsbd/sys-pre/tleap
# sh tleap.sh


# 检查复合物结构是否合理
# /home/data/zzy/project/hsbd/sys-pre/tleap/check
for i in `cat ../../index`;do echo 18|gmx_mpi trjconv -s ../$i/gmx/gromacs.gro -f ../$i/gmx/gromacs.gro -n ../$i/gmx/index.ndx -o $i.pdb;done
# 与对接结果 /home/data/zzy/project/hsbd/sys-pre/complex-from-d3dock 进行对比


# 唯一需要外部引入的参数是抗衡离子数量（ vi tleap.in)
# 第一次运行后，去leap.log里看一下，蛋白的带电情况（配体都是电中性）
# 本次实验中，3个体系蛋白不同，且都是多聚体，需要额外检查top文件与posre.itp文件

体系平衡

# 172.21.75.1 /home/data/zzy/project/hsbd/pre-bal
scp -r dddc@172.21.85.2:/home/dddc/zzy/project/trip13/20241016-t13-5mol-cmd/pre-equilibrium/mdp ./
nohup sh min-nvt-npt.sh &

200ns模拟记录

19532

# 172.21.75.1 /home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/19532/
source ~/.gmx-2022.5-GPU.sh
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/19532/1$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[1] 3339463


export CUDA_VISIBLE_DEVICES=1
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/19532/2$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[2] 3340079


export CUDA_VISIBLE_DEVICES=2
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/19532/3$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[3] 3340188

26904

# 172.21.85.9 /home/databank/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/26904
scp -r dddc@172.21.75.1:/home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd ./
source ~/.gmx2022.5-remd.sh (export CUDA_VISIBLE_DEVICES=2)
(base) [chpeng@localhost 1]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[1] 61965


export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0
(base) [chpeng@localhost 2]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[2] 61993


export CUDA_VISIBLE_DEVICES=1
(base) [chpeng@localhost 3]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[3] 62013