11.26 整理思路
垂直结构
AI-sim-Dock
- # 85.12 /home/zjxu/xbzhang/2019-nCov-final/D3Similarity/D3Similarity-yqyang
- # AI 筛选出了20个靶点,其中很多实际上都不是SARS-Cov-2的,这20个里面有9个sim库里也有
- # 手动选出这9个靶点 from-ai-to-smi-target.lst
- for i in
`awk -F '-' '{print $2}' from-ai-to-smi-target.lst|sed 's/.txt//g'`
;do wc -l /home/zjxu/xbzhang/2019-nCov-final/D3Similarity/D3Similarity-yqyang/VS/target-id/molall_${i}.lst;done - # 如上图,当时相似性大于0.9的,一共就源于5个靶标,其中仅有1,2是AI能预测出来的
- # 对应25个成分(target1,target2,或两个兼有)
- # D3Docking 对接了 2个靶点(12个构象,共86个口袋),25个中药成分
- 85.12 /home/zjxu/zzy/hsbd/dock/d3S-36mol/0702-2pro/analysis/result.txt
- 85.12 /home/zjxu/zzy/hsbd/dock/d3S-36mol/0702-2pro/analysis/protein.txt
- # 整理选出 TCMID-27473与TCMID-27701的思路,或者选其他的化合物
- # 25个成分 - D3Docking 86个口袋 -