11.26 整理思路

垂直结构

AI-sim-Dock
  • # 85.12 /home/zjxu/xbzhang/2019-nCov-final/D3Similarity/D3Similarity-yqyang

  • # AI 筛选出了20个靶点,其中很多实际上都不是SARS-Cov-2的,这20个里面有9个sim库里也有
  • # 手动选出这9个靶点 from-ai-to-smi-target.lst
  • for i in `awk -F '-' '{print $2}' from-ai-to-smi-target.lst|sed 's/.txt//g'`;do wc -l /home/zjxu/xbzhang/2019-nCov-final/D3Similarity/D3Similarity-yqyang/VS/target-id/molall_${i}.lst;done



  • # 如上图,当时相似性大于0.9的,一共就源于5个靶标,其中仅有1,2是AI能预测出来的
  • # 对应25个成分(target1,target2,或两个兼有)

  • # D3Docking 对接了 2个靶点(12个构象,共86个口袋),25个中药成分
  • 85.12 /home/zjxu/zzy/hsbd/dock/d3S-36mol/0702-2pro/analysis/result.txt
  • 85.12 /home/zjxu/zzy/hsbd/dock/d3S-36mol/0702-2pro/analysis/protein.txt


  • # 整理选出 TCMID-27473与TCMID-27701的思路,或者选其他的化合物
  • # 25个成分 - D3Docking 86个口袋 -