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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • 4.29 check
    54. Pan, P.; Ge, W.; Lei, Z.; Luo, W.; Liu, Y.; Guan, Z.; Chen, L.; Yu, Z.; Shen, M.; Hu, D. J. S. T.; Therapy, T., SARS-CoV-2 N protein enhances the anti-apoptotic activity of MCL-1 to pro
    HSBD 2025-05-09 12:18:05    zhouzhaoyin
  • 4.24 last
    abstract 由于SARS-CoV-2变异株不断出现以及SARS-CoV-2感染带来的后遗症，SARS-CoV-2仍是全球持续关注的健康问题。化湿败毒汤是经批准的SARS-CoV-2治疗方剂，在临床上被证明具有广泛的疗效，但其抗病毒机制尚不清楚。本文，我们整合了网络药理学、深度学习靶点预测、基于配体的相似性分析、多构象虚拟筛选、酶抑制试验和分子动力学模拟，从HSBD作用于宿主和病毒靶点两个角度
    HSBD 2025-04-28 20:10:12    zhouzhaoyin
  • 12.4 网药-2
    成分信息收集 根据化湿败毒方中的14味中药材，收集2049个成分 hsbd-2049mol.smi 靶点信息收集 # ETCM数据库 寻找他们的已知靶标（确证+基于配体相似性的潜在靶点） # 85.3 /home/yqyang/zzy/hsbd/np/mgp/mol-targets/hsbd-mols-targets # do2.sh 的逻辑如下： 1. 根据 hsbd-20
    HSBD 2025-04-26 15:21:33    zhouzhaoyin
  • 4.9 md-write
    Initial structures for molecular dynamics simulation 比较活性位点对接结果和D3DOCK对接结果 75.2 /home/databank/zyzhou/project/hsbd/known-pkt (base) dddc@SR665-V3:/home/databank/zyzhou/project/hsbd/known-pkt$ grep -
    HSBD 2025-04-22 15:52:21    zhouzhaoyin
  • 4.17 discussion material
    Plpro-16012 结合位点的文献依据 Coronaviruses such as SARS-CoV-2 encode a conserved papain-like protease (PLpro) that is crucial for viral replication and immune evasion, making it a prime target for antiviral
    HSBD 2025-04-17 21:44:09    zhouzhaoyin
  • 4.9 TRIP13 apo CMD
    23年2月份的vsREMD任务的mdp,top,npt.gro 原始文件位置： # mdp，npt.gro 23 /home/dddc/zzy/project/trip13/apo/2213 # top 23 /home/dddc/zzy/project/trip13/apo/220_pre 跟师姐讨论后，在新服务器上交5个1微秒的CMD，看看模拟结果 75.3 /home/data
    MD 2025-04-16 16:46:33    zhouzhaoyin
  • 4.11 pl monomer
    75.3 /home/data/zyzhou/project/hsbd/2025-4bioactive cp -r sys-pre/ 2sys-pl-monomer 蛋白准备 本次重新准备，全部选用 D3Docking 库中的 受体结构文件（pdb) - pdb2pqr 75.3 /home/data/zyzhou/project/hsbd/2025-4bioactive/2sys-pl-m
    HSBD 2025-04-14 18:31:44    zhouzhaoyin
  • MD dataset
    MD 2025-04-09 20:02:29    zhouzhaoyin