zhouzhaoyin

zhouzhaoyin @zhouzhaoyin

16 粉丝 11 关注

组织

@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • 5.12-16 MD auto test & modify
    标注解读 git上版本存在的问题 zyzhou的修改 zyzhou修改后待解决/优化的残余问题（时间关系，先以跑通流程为首要目标） 待解决问题汇总 mdp 需要进一步核对 amber_to_gmx-add_restraint.py 调试的时候输出了一大堆debug信息，后续需要从脚本中将其删除 pre_equ.py 程序运行完成后无法退出 total_control.py 自动判断每个文件夹
    MD 2025-05-19 15:54:25    zhouzhaoyin
  • 5.12 standrad system 3N0Y_2FJT
    从PDB网站中查看该结构具体信息 发现该体系中存在一个非标准氨基酸CSX，无二硫键 判断非标准氨基酸是否需要处理 非标准氨基酸的一些考虑： 该氨基酸是否是结晶所需？若是，AMBER tutorials建议将其转换为标准氨基酸”you need to modify the resulting gfp.pdb file to convert the MSE residues (selenomet
    MD 2025-05-16 16:00:06    zhouzhaoyin
  • 2.26-3.17 HSP90 33sys
    体系准备 根据师姐发给我的文件表1“70个体系”（实际为37行），其中2VCI,5NYI koff无具体实验数据，不纳入后续测试体系。6EFU不是HSP90，6EY8，5J86都出现了两次，经检查，原文献中也出现了两次，都是koff数据两个不同的配体写了同一个PDB ID，根据PDB结构进行比对，将配体匹配的那个数据保留，另一个删去。处理后剩余32个体系。 2.26 向git上传了33个体系是
    MD 2025-05-14 19:51:59    zhouzhaoyin
  • d3dock(carp)
    172.21.85.23 conda activate rdkit nohup bash /home/databank/database/d3carp/scripts/1-Docking_TP.sh -l /home/databank/ydn/d3carp-docking/workdir/test/JST181.mol2 -t /home/databank/ydn/d3carp-docking
    share 2025-05-14 10:17:50    zhouzhaoyin
  • MD GPU speed test
    2024-05-15 不同GPU性能比较 # 测试了组内目前有的3090，v100，4090的性能，测试了单任务/多任务情况下的性能 结论：对于 CMD任务 4090>v100≈3090 2025-1-14：实际上，gmx安装编译时用的指令集会对软件性能造成影响 4090 172.21.75.1 /home/dddc/zzy/test/0515-gmx/single-gpu-Multi
    MD 2025-05-12 15:58:46    zhouzhaoyin
  • vsREMD plus
    MD 2025-05-12 15:58:26    zhouzhaoyin
  • SMD
    MD 2025-05-12 15:57:52    zhouzhaoyin
  • smd to pmf
    2023 amber 手册 25.5.1 SMD # 172.21.75.1 /home/data/zzy/koff/smd/pmf
    MD 2025-05-12 10:07:10    luoruitong