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  • 5.15 Q&A jawang
    如果现在要做一个CMD轨迹数据集，您认为什么样的力场组合较为合适？ff14SB+Gaff2?盒子大小设置为10A？ 师姐问过了，都是这样的 我们从同一个蛋白的两种晶体结构出发分别进行CMD模拟（1微秒 3），两个结构一个是apo结构，另一个是复合物结构，两个结构的配体结合口袋有较大的不同。我们希望比较他们的CMD轨迹。 CMD模拟基于晶体结构构建初始结构的时候，配体结合口袋存在硫酸根离子
    MD 2025-05-26 09:38:27    zhouzhaoyin
  • 5.20 MD auto test
    脚本改了几个版本，算是解决了一些问题，最后批量提交不同模样体系的时候发现一些问题： pre_equ.py 貌似只能处理与 GPU_DEVICES 参数指定的GPU数量同样的文件夹。 这还蛮不方便的 5-20 12：48 mode 0 测试通过 75.3 /home/data/zyzhou/project/D3PM/test-MD-auto/test/mode0 5-20 17：05 mod
    MD 2025-05-20 19:09:34    zhouzhaoyin
  • 5.12-16 MD auto test & modify
    标注解读 git上版本存在的问题 zyzhou的修改 zyzhou修改后待解决/优化的残余问题（时间关系，先以跑通流程为首要目标） 待解决问题汇总 mdp 需要进一步核对 amber_to_gmx-add_restraint.py 调试的时候输出了一大堆debug信息，后续需要从脚本中将其删除 pre_equ.py 程序运行完成后无法退出 total_control.py 自动判断每个文件夹
    MD 2025-05-19 15:54:25    zhouzhaoyin
  • 5.12 standrad system 3N0Y_2FJT
    从PDB网站中查看该结构具体信息 发现该体系中存在一个非标准氨基酸CSX，无二硫键 判断非标准氨基酸是否需要处理 非标准氨基酸的一些考虑： 该氨基酸是否是结晶所需？若是，AMBER tutorials建议将其转换为标准氨基酸”you need to modify the resulting gfp.pdb file to convert the MSE residues (selenomet
    MD 2025-05-16 16:00:06    zhouzhaoyin
  • 2.26-3.17 HSP90 33sys
    体系准备 根据师姐发给我的文件表1“70个体系”（实际为37行），其中2VCI,5NYI koff无具体实验数据，不纳入后续测试体系。6EFU不是HSP90，6EY8，5J86都出现了两次，经检查，原文献中也出现了两次，都是koff数据两个不同的配体写了同一个PDB ID，根据PDB结构进行比对，将配体匹配的那个数据保留，另一个删去。处理后剩余32个体系。 2.26 向git上传了33个体系是
    MD 2025-05-14 19:51:59    zhouzhaoyin
  • MD GPU speed test
    2024-05-15 不同GPU性能比较 # 测试了组内目前有的3090，v100，4090的性能，测试了单任务/多任务情况下的性能 结论：对于 CMD任务 4090>v100≈3090 2025-1-14：实际上，gmx安装编译时用的指令集会对软件性能造成影响 4090 172.21.75.1 /home/dddc/zzy/test/0515-gmx/single-gpu-Multi
    MD 2025-05-12 15:58:46    zhouzhaoyin
  • vsREMD plus
    MD 2025-05-12 15:58:26    zhouzhaoyin
  • SMD
    MD 2025-05-12 15:57:52    zhouzhaoyin