5.15 Q&A jawang
- 如果现在要做一个CMD轨迹数据集，您认为什么样的力场组合较为合适？ff14SB+Gaff2?盒子大小设置为10A？
师姐问过了，都是这样的
- 我们从同一个蛋白的两种晶体结构出发分别进行CMD模拟（1微秒*3），两个结构一个是apo结构，另一个是复合物结构，两个结构的配体结合口袋有较大的不同。我们希望比较他们的CMD轨迹。
- CMD模拟基于晶体结构构建初始结构的时候，配体结合口袋存在硫酸根离子，按理说这个硫酸根离子是源自结晶的缓冲溶液，但是观察晶体结构发现硫酸根离子与周围的残基存在相互作用（口袋中有ARG,LYS），是否应该保留？
- CMD模拟基于晶体结构构建初始结构的时候，配体中含有三磷酸片段，配体结合口袋存在锰离子，按理说存在配位键。在准备体系的时候，是否需要对锰离子进行位置限制？
- 准备CMD体系的时候，准备配体的参数（prep,frcmod文件）我们现在是先对配体进行高斯优化，再通过antechamber从高斯优化的log文件中拟合resp电荷信息。您认为这个流程是否合理？高斯优化的时候，是否应该在非水条件下进行优化？
- 预平衡的能量最小化这一步是否应该施加位置限制？如果施加的话，是应该对重原子还是全原子进行限制？根据您的经验,nvt，npt跑多久比较合适？
- 我们前期做了一些测试，发现GMX2024.4的GPU并行MD preformance（模拟速度）不如单块GPU快，准确说，是慢得多。您觉得这是否合理？是否是我们并行方法的问题?
MD模拟体系中，从晶体结构出发进行MD模拟，离子是否需要处理