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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • 0730
    备注 d3sim 中的26509 是 d3sim 筛选得到的，当时买化合物送活性的时候，除了对接的，smi 筛出来的也跳了17个
    HSBD 2025-08-01 18:17:55    zhouzhaoyin
  • revise
    投稿前 0715 根据两位老师的修订进行修改 0722 0719 朱老师指出稿子里存在不少重复，冗余的情况，需要狠狠的修改语言，实验内容问题不大 0722 根据deepseek，进行语言优化，对部分冗余的表述进行了修改。这一轮修改下来的感觉是确实需要大修，尤其是网药以外的部分，语言表述需要完善。 0723 经几位老师讨论，建议先按照 民族药理学报的格式准备稿子 在调格式之前，
    HSBD 2025-07-29 22:10:49    zhouzhaoyin
  • write
    文章最新版 初稿 Fig_table 最新版 所需材料（随时更新） 葛根芩连汤、麻杏石甘汤量效的循证医学评价_赵思佳.pdf 网药分析 PPI 85.3 /home/yqyang/zzy/project/hsbd/np/ppi/analysis awk '$2>0.02{print}' dc_bc_cc |awk
    HSBD 2025-07-26 16:32:03    zhouzhaoyin
  • MD auto 相关注意事项
    MD auto 更新日记 2025-5-29 修改 atom_name_check.py 解决当氢原子穿插出现在 SDF 文件中时不能正确匹配和更新非氢原子的坐标的问题 支持mol2文件输入 现有版本的注意事项 version 2025-5-29 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/MD-automation/example/scripts-cl
    share 2025-07-22 13:56:54    zhouzhaoyin
  • install
    gmx-install 172.21.75.1 GPU4090 /home/dddc/zzy/software 安装openmpi conda create -n openmpi python=3.8 openmpi conda activate openmpi 安装cmake linux下cmake安装配置_linux cmake配置全局-CSDN博客 cd /home/
    MD 2025-07-21 10:32:03    zhouzhaoyin
  • 7.13 6-10 pair
    6-30 准备的体系用蓝色标出，7-13准备的体系用绿色标出 7-13 体系（6-10pair） apo 体系 蛋白检查 & 清洗 pdb2pqr的输出结果要仔细检查氨基酸序列是否缺失 # v100 /home/databank/zzy/project/D3PM/0630/clean_system/pdb2pqr/0713/clean_system/pdb2pqr # 从PDB
    MD 2025-07-18 19:47:51    zhouzhaoyin
  • Temp generator-adjustment for vsREMD
    24 /home/databank/zzy/project/MD/temp-adjust/20240228/sucess/grep_exchange nohup mpirun -np 90 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md1 md2 md3 md4 md5 md6 -replex 1000 & # 0.1ns test for a in $
    MD 2025-07-18 09:37:44    zhouzhaoyin
  • 2025 progress
    HSBD 2025-07-15 09:44:45    zhouzhaoyin