MD auto 相关注意事项

MD auto 更新日记

2025-5-29

修改 atom_name_check.py 
解决当氢原子穿插出现在 SDF 文件中时不能正确匹配和更新非氢原子的坐标的问题
atom_name_check.py

现有版本的注意事项

version 2025-5-29
  • 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/MD-automation/example/scripts-clean
  • 无法处理二硫键
  • 无法处理非标准氨基酸
  • 需要输入的蛋白（配体）结构文件结构准确（无缺链）质子化状态明确，否则Amber参数生成（md_parm_gen.py）会报错
  • 力场不支持的离子（如硫酸根离子）需要自己拟合作为输入文件（prep,frcmod）
  • 配体高斯优化（lig_parameter_cal.py）只接受sdf文件为输入（其他格式电荷信息会提取出错）
  • 配体高斯优化（lig_parameter_cal.py）不进行排队，工作路径下的文件夹数量有限制（见下文）
  • amber_to_gmx-add_restraint.py 无法对多链体系施加合理的位置限制
  • 预平衡（pre_equ.py）运行完成后无法自动退出
  • 预平衡（pre_equ.py）无法进行任务排队，超出用户定义GPU数量之外的体系将不会被处理，目前一台服务器上最多有8块GPU（75.3），换言之，该流程目前最多同时处理8个体系，远小于上文提到的高斯优化体系数量限制（一个体系4核，需要确保调用的总核数不超过服务器空闲核数）

开展MD数据集外课题需要的注意点

确认力场

常用的是ff14SB+TIP3P+Gaff2
根据自己的需要进行修改，修改方方法为进入 md_parm_gen.py 进行文本操作
如：1,$s/ff19SB/ff14SB/g 

确认预平衡参数

修改mdp文件

温度

nvt.mdp & npt.mdp: ref_t , gen_temp 两个参数
300K？310K？其他？

压缩系数

npt.mdp: compressibility 参数
需要根据温度进行修改

输出trr文件

nstxout & nstvout & nstfout: 多少步输出一次 坐标/速度/受力 信息 到 trr文件
若不需要输出trr，这三个参数不写（默认为0，即不输出），同时检查 nstxout-compressed 参数（多少步输出一次坐标信息到xtc文件中）
是否输出trr文件取决于该模拟体系是否需要并入课题组构建的MD数据集（后续可能用于Deep learning）
跟老师们确认

确认长时间模拟参数

！预平衡需要确认的参数这里都要确认！
！仔细检查模拟时长！