7.13 6-10 pair

7-13 体系（6-10pair）

apo 体系

蛋白检查 & 清洗

# v100 /home/databank/zzy/project/D3PM/0630/clean_system/pdb2pqr/0713/clean_system/pdb2pqr
# 从PDB 上下载挑选的10个PDB文件（PDB 批量下载可得到 pdbXXXX.ent，经检查，和原本的pdb完全一样）
# index 文件包含 体系 PDB ID 和 chainID，命令中直接通过grep 选中对应的链，这很方便
# 实际操作时，在 grep -v HETATM 前 检查了氨基酸外 原子，确认对体系影响不大后，全部删去


for i in {1..10};do a=`sed -n "${i}p" index|awk '{print $1}'`;b=`sed -n "${i}p" index|awk '{print $2}'`;mv pdb${a}.ent ${a}.pdb;pdb2pqr30 ${a}.pdb ${a}.pqr --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.0 --pdb-output ${a}_pdb2pqr.pdb --drop-water;awk -v chain="$b" '$5==chain{print}' ${a}_pdb2pqr.pdb|grep -v HETATM >${a}_${b}-pdb2pqr.pdb;rm ${a}.pqr;rm ${a}_pdb2pqr.pdb;done

• 3zv8,3zv9 两个结构HIS A 189残基pdb 中只有一个原子坐标信息，pdb2pqr 会报错，将其删去
• 4yz1 体系 直接 pdb2pqr 的话链没有补齐，用本地2017薛定谔 进行了补链再pdb2pqr
• 3vsk 体系 直接 pdb2pqr 的话链没有补齐，用本地2017薛定谔 进行了补链再pdb2pqr
• 3vsl 体系 直接 pdb2pqr 的话链没有补齐，用本地2017薛定谔 进行了补链再pdb2pqr
• 6b1l 体系 直接 pdb2pqr 的话链没有补齐，用本地2017薛定谔 进行了补链再pdb2pqr
• 
  

paste -d ' ' pdb2pqr/index ../../0630/clean_system/system-name|sed 's/ A/_A/g'|sed 's/ B/_B/g'|awk '{print $2,$1,$4}' >system-name


for i in {1..10};do a=`sed -n "${i}p" system-name|awk '{print $2}'`;b=`sed -n "${i}p" system-name|awk '{print $1}'`;echo "########## $a $b ###########";mkdir -p $b;cp pdb2pqr/${a}-pdb2pqr.pdb $b/;done

MD 自动化处理

# v100 /home/databank/zzy/project/D3PM/0713/MD_auto_workdir
# 2025-7-14 9:53 先提交 apo 的5个体系
# 总控脚本去除了 第一步的高斯优化
# 总控脚本注释了 最后一步的预平衡，改为手动提交
# 预平衡脚本调用3个GPU
source ~/zzy/gmx2024.4-gpu.sh
source ~/xcy/env/amber24.sh
export OMP_NUM_THREADS=10
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1,2


# v100上 3块GPU，一次只能交3个任务
for i in {4..5};do cp -r ../clean_system/system${i} ./;cp -r ../mdp/ system${i};done


python total_control-v2.py 0
# 成功完成
# npt3.gro 检查无误

• 3zv8 体系本身就是中性（tleap 不需添加抗衡离子），这很少见

整理结果&生成tpr

# 85.9 /home/databank/zzy/project/D3PM/0713/MD_auto_finished
# 前期编写了结果处理脚本，将 MD_auto_workdir 里的所有输出文件都删除/转移
# 同时记录体系录入的时间
bash do.sh


# 注意存储空间
df -h


75.3 /home/data/zyzhou/project/D3PM/0630-5apo-system/1um_cmd
# 2025-0714 从 v100 将 5个apo 体系转移到 75.3
# 运行 do.sh，基于  MD_auto_finished 里的npt3.gro 和 gmx.top，index.ndx打包成tpr
# 2025-07-14 修改了do.sh ，使其可以自动识别温控溶剂组并修改mdp

1us CMD

75.3 /home/data/zyzhou/project/D3PM/0630-5apo-system/1um_cmd

complex 体系

配体下载&高斯优化

23 /home/databank_70t/zzy/g16/D3PM/epik
# 完成后，该文件夹转入 0713 文件夹

23 /home/databank_70t/zzy/g16/D3PM/0713
for i in {1..5};do a=`sed -n "${i}p" system-name|awk '{print $1}'`;b=`sed -n "${i}p" system-name|awk '{print $2}'|awk -F '_' '{print $1}'`;mkdir -p $a;cp ../epik/${b}-lig.sdf ${a}/;done


python check.py -i /home/databank_70t/zzy/g16/D3PM/0713/ -t sdf


date | sed "s/^/D3PM system: five g16 jobs submitted on /" >>nohup.out
nohup python lig_parameter_cal.py -i /home/databank_70t/zzy/g16/D3PM/0713/ -t sdf

MD 自动化处理

# v100 /home/databank/zzy/project/D3PM/0713/clean_system
# 从高斯优化服务器将高斯优化结果复制过来
scp -r dddc@172.21.85.23:/home/databank_70t/zzy/g16/D3PM/0713 raw_g16
# 将高斯优化数据复制到对应体系的文件夹中
(base) [chpeng@localhost clean_system]$ for i in {6..10};do grep system${i} system-name;cp -r raw_g16/system${i}/* system${i}/;done
system6 5f47_A pair1
system7 5gm8_B pair2
system8 5aa4_A pair3
system9 3vw0_D pair4
system10 3ku1_A pair5

# v100 /home/databank/zzy/project/D3PM/0713/MD_auto_workdir
# 总控脚本去除了 第一步的高斯优化
# 总控脚本注释了 最后一步的预平衡，改为手动提交
# 预平衡脚本调用3个GPU
source ~/zzy/gmx2024.4-gpu.sh
source ~/xcy/env/amber24.sh
export OMP_NUM_THREADS=10
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1,2


# v100上 3块GPU，一次只能交3个任务
for i in {6..8};do cp -r ../clean_system/system${i} ./;cp -r ../mdp/ system${i};done


python total_control-v2.py 1
# 成功完成
# npt3.gro 检查无误

• 3kr9_A-pdb2pqr.pdb 体系（system5）报错，貌似是最后一个氨基酸上有原子名称无法识别，尝试把这些原子删了，让tleap 自己补齐
• 该体系对应的 complex 3ku1_A-pdb2pqr.pdb （system10）也报错了，同样的处理方法
• 进一步检查发现这个氨基酸是HIS，pdb2pqr没有给出其确定的质子化状态，tleap 不能识别HIS上的HD 氢原子，所以出错，这里，两个体系均将 222位的HIS上两个HD，一个HE删去，交予tleap进行质子化预测（tleap 预测为HIE） 
• 3ku1_A-pdb2pqr.pdb 197-206位缺失 将 3kr9_A-pdb2pqr.pdb align ，直接复制这部分残基对应原子的行到  3ku1_A-pdb2pqr.pdb 中 

整理结果&生成tpr

# 85.9 /home/databank/zzy/project/D3PM/0630/MD_auto_finished
# 前期编写了结果处理脚本，将 MD_auto_workdir 里的所有输出文件都删除/转移
# 同时记录体系录入的时间
bash do.sh


# 注意存储空间
df -h


# 生成tpr
# 75.3 /home/data/MD_traj_dataset/D3PM/0713-5apo-system/1um_cmd
# 将体系的编号，名称整理在 index 中，运行脚本 do.sh 即可
# v100 rsync 到75.3
rsync -rzP MD_auto_finished/ dddc@172.21.75.3:/home/data/MD_traj_dataset/D3PM/0713-5apo-system/MD_auto_finished
# 注意,apo与complex相比 tc-grps 不同


source ~/.gmx2024.sh
####################################  do.sh   #############################################
for i in {6..10}
do 


a=`sed -n "${i}p" index|awk '{print $1}'`
b=`sed -n "${i}p" index|awk '{print $2}'`


mkdir -p $b/md1 $b/md2 $b/md3


tc_sov_grp=`grep Water ../MD_auto_finished/result/$a/pre-equ/npt3/npt.mdp |awk '{print $4}'`
sed "s/Water_Na+/$tc_sov_grp/g" md_1us_complex.mdp >${b}/md_1us_complex.mdp


gmx_mpi grompp -f ${b}/md_1us_complex.mdp -c ../MD_auto_finished/result/$a/pre-equ/npt3/npt3.gro -p ../MD_auto_finished/result/${a}/parameters/gmx.top -n ../MD_auto_finished/result/${a}/parameters/index.ndx -o ${b}/${b}.tpr
cp ${b}/${b}.tpr ${b}/md1;cp ${b}/${b}.tpr ${b}/md2;cp ${b}/${b}.tpr ${b}/md3


done
###############################################################################################


bash do.sh
# 2025-07-15 完成tpr生成，随时可以提交MD任务

1us CMD

75.3 /home/data/zyzhou/project/D3PM/0713-5apo-system/1um_cmd/