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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • 6.30 1-5pair
    apo 体系 蛋白检查 & 清洗 # v100 /home/databank/zzy/project/D3PM/0630/clean_system/pdb2pqr/0630 # index 文件包含 体系 PDB ID 和 chainID，命令中直接通过grep 选中对应的链，这很方便 # 实际操作时，在 grep -v HETATM 前 检查了氨基酸外 原子，确认对体系影响不大后，全部删
    MD 2025-08-19 16:05:34    zhouzhaoyin
  • 7.21 1-10pair check
    经讨论，每个体系提交前要和师姐对一下细节，比如是否用二聚体，体系中是否有其他需要考虑的细节。讨论的 结果文件可见 7.21 邮件（Re：7.19周报） 3ZV8-3ZV9 该结构中有HIS tag，经讨论，将其删去 MD 自动化处理 # v100 /home/databank/zzy/project/D3PM/0713/MD_auto_workdir # 对apo 体系进行处理（3
    MD 2025-08-18 21:15:06    zhouzhaoyin
  • amber24
    CPU 75.2 export PATH=/home/databank/zyzhou/software/amber24/amber_bin/bin:$PATH source /home/databank/zyzhou/software/amber24/amber_bin/amber.sh 75.2 /home/databank/zyzhou/software/amber24 sc
    MD 2025-08-18 15:20:45    zhouzhaoyin
  • MD Operation (auto)
    85.9 /home/databank/zzy/test/MD_auto_workdir source ~/zzy/gmx2024.4-gpu.sh source ~/xcy/env/amber24.sh export OMP_NUM_THREADS=10 export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1,2 file you need prepare: 'syste
    share 2025-08-18 10:15:30    zhouzhaoyin
  • MD Operation (old)
    Written in front Please remember that this is a very rough tutorial (honestly, I’m somewhat ashamed to call it a tutorial because it’s too rough). The only purpose of this "tutorial" is to help you na
    share 2025-08-18 10:07:21    zhouzhaoyin
  • Introduction for MD
    brief mechanism Key interactions calculated in MD Example of MD results (trajectories)
    share 2025-08-18 10:06:25    zhouzhaoyin
  • 0810
    HSBD 2025-08-15 10:47:23    zhouzhaoyin
  • MD 流程化
    2025-2-26 2.2 使用 tleap 生成 Amber 参数文件 输入文件：配体参数，蛋白结构，配体结构 输出文件：Amber MD 参数文件（.prmtop 和 .inpcrd） 脚本：md_parm_gen.py 负责人：周兆寅 一次成功的GPT辅助脚本撰写，几次request如下： 告知输入和输出，脚本的目的，以及核心代码 补充要求，加个用户自定义参数 粗看一
    MD 2025-08-11 12:00:53    libinghui