7.21 1-10pair check

经讨论，每个体系提交前要和师姐对一下细节，比如是否用二聚体，体系中是否有其他需要考虑的细节。讨论的结果文件可见 7.21 邮件（Re：7.19周报）

3ZV8-3ZV9

该结构中有HIS tag，经讨论，将其删去

MD 自动化处理

# v100 /home/databank/zzy/project/D3PM/0713/MD_auto_workdir
# 对apo 体系进行处理（3zv8）
cp -r ../clean_system/system4/ ./
cp -r ../mdp/ system4/
# 手动删除his tag 以及184位LYS(184-188位在PDB中检查，不在蛋白本身的序列之中）


source ~/zzy/gmx2024.4-gpu.sh
source ~/xcy/env/amber24.sh
export OMP_NUM_THREADS=10
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1,2


python total_control-v2.py 0
# 成功完成


# 同样的操作，适用于complex体系（system9-3zv9）
# 整理好结果后，将其同步至75.3，进行CMD模拟
rsync -rzP system4 dddc@172.21.75.3:/home/data/MD_traj_dataset/D3PM/0713/MD_auto_finished/result/
rsync -rzP system9 dddc@172.21.75.3:/home/data/MD_traj_dataset/D3PM/0713/MD_auto_finished/result/

1um CMD

75.3 /home/data/MD_traj_dataset/D3PM/0713/1um
# 将体系名称补充至index
# 修改do.sh，自动生成tpr


# 75.6 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/0713/3zv8_A_pair9
export LD_LIBRARY_PATH=/home/dddc/software/miniforge3/envs/md_traj_analysis/lib/:$LD_LIBRARY_PATH
source ~/.gmx2024.4.sh
# 提交任务即可