6.30 1-5pair

apo 体系

蛋白检查 & 清洗

# v100 /home/databank/zzy/project/D3PM/0630/clean_system/pdb2pqr/0630
# index 文件包含 体系 PDB ID 和 chainID，命令中直接通过grep 选中对应的链，这很方便
# 实际操作时，在 grep -v HETATM 前 检查了氨基酸外 原子，确认对体系影响不大后，全部删去


for i in {1..10};do a=`sed -n "${i}p" index|awk '{print $1}'`;b=`sed -n "${i}p" index|awk '{print $2}'`;pdb2pqr30 ${a}.pdb ${a}.pqr --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.0 --pdb-output ${a}_pdb2pqr.pdb --drop-water;awk -v chain="$b" '$5==chain{print}' ${a}_pdb2pqr.pdb|grep -v HETATM >${a}_${b}-pdb2pqr.pdb;rm ${a}.pqr;rm ${a}_pdb2pqr.pdb;done




for i in {1..10};do a=`sed -n "${i}p" system-name|awk '{print $2}'`;b=`sed -n "${i}p" system-name|awk '{print $1}'`;echo "########## $a $b ###########";mkdir -p $b;cp pdb2pqr/0630/${a}-pdb2pqr.pdb $b/;done

MD 自动化处理

# v100 /home/databank/zzy/project/D3PM/0630/MD_auto_workdir
# 2025-6-30 15:17 先提交 apo 的5个体系
# 总控脚本去除了 第一步的高斯优化
# 总控脚本注释了 最后一步的预平衡，改为手动提交
# 预平衡脚本调用3个GPU
source ~/zzy/gmx2024.4-gpu.sh
source ~/xcy/env/amber24.sh
export OMP_NUM_THREADS=10
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1,2


# v100上 3块GPU，一次只能交3个任务
for i in {1..3};do cp -r ../clean_system/system${i} ./;cp -r ../mdp/ system${i};done


python total_control-v2.py 1
# 成功完成
# npt3.gro 检查无误

• 3kr9_A-pdb2pqr.pdb 体系报错，貌似是最后一个氨基酸上有原子名称无法识别，尝试把这些原子删了，让tleap 自己补齐

整理结果

# 85.9 /home/databank/zzy/project/D3PM/0630/MD_auto_finished
# 前期编写了结果处理脚本，将 MD_auto_workdir 里的所有输出文件都删除/转移
# 同时记录体系录入的时间
bash do.sh


# 注意存储空间
df -h

1us CMD

75.3 /home/data/zyzhou/project/D3PM/0630-5apo-system/1um_cmd/3kr9_A_pair5/md1
# 2025-0703 从 v100 将 5个apo 体系转移到 75.3
# 考虑到存储空间，每次提交一个模拟任务，完成后进行轨迹转移后再提交新的任务
(base) dddc@ubuntu:/home/data/zyzhou/project/D3PM/0630-5apo-system/1um_cmd/3kr9_A_pair5/md1$ ps
    PID TTY          TIME CMD
4005288 pts/162  00:00:00 bash
4008120 pts/162  01:31:56 gmx_mpi
4008713 pts/162  00:00:00 ps

complex 体系

配体下载&高斯优化

23 /home/databank_70t/zzy/g16/D3PM/epik

23 /home/databank_70t/zzy/g16/D3PM/0630
python check.py -i /home/databank_70t/zzy/g16/D3PM/0630/ -t sdf


date | sed "s/^/D3PM system: five g16 jobs submitted on /" >>nohup.out
nohup python lig_parameter_cal.py -i /home/databank_70t/zzy/g16/D3PM/0630/ -t sdf

MD 自动化处理

# v100 /home/databank/zzy/project/D3PM/0630/clean_system
# 从高斯优化服务器将高斯优化结果复制过来
scp -r dddc@172.21.85.23:/home/databank_70t/zzy/g16/D3PM/0630 raw_g16
# 将高斯优化数据复制到对应体系的文件夹中
(base) [chpeng@localhost clean_system]$ for i in {6..10};do grep system${i} system-name;cp -r raw_g16/system${i}/* system${i}/;done
system6 5f47_A pair1
system7 5gm8_B pair2
system8 5aa4_A pair3
system9 3vw0_D pair4
system10 3ku1_A pair5

# v100 /home/databank/zzy/project/D3PM/0630/MD_auto_workdir
# 总控脚本去除了 第一步的高斯优化
# 总控脚本注释了 最后一步的预平衡，改为手动提交
# 预平衡脚本调用3个GPU
source ~/zzy/gmx2024.4-gpu.sh
source ~/xcy/env/amber24.sh
export OMP_NUM_THREADS=10
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1,2


# v100上 3块GPU，一次只能交3个任务
for i in {6..8};do cp -r ../clean_system/system${i} ./;cp -r ../mdp/ system${i};done


python total_control-v2.py 1
# 成功完成
# npt3.gro 检查无误

• 3kr9_A-pdb2pqr.pdb 体系（system5）报错，貌似是最后一个氨基酸上有原子名称无法识别，尝试把这些原子删了，让tleap 自己补齐
• 该体系对应的 complex 3ku1_A-pdb2pqr.pdb （system10）也报错了，同样的处理方法
• 进一步检查发现这个氨基酸是HIS，pdb2pqr没有给出其确定的质子化状态，tleap 不能识别HIS上的HD 氢原子，所以出错，这里，两个体系均将 222位的HIS上两个HD，一个HE删去，交予tleap进行质子化预测（tleap 预测为HIE） 
• 3ku1_A-pdb2pqr.pdb 197-206位缺失 将 3kr9_A-pdb2pqr.pdb align ，直接复制这部分残基对应原子的行到  3ku1_A-pdb2pqr.pdb 中 

整理结果&生成tpr

# 85.9 /home/databank/zzy/project/D3PM/0630/MD_auto_finished
# 前期编写了结果处理脚本，将 MD_auto_workdir 里的所有输出文件都删除/转移
# 同时记录体系录入的时间
bash do.sh


# 注意存储空间
df -h


# 生成tpr
# 75.3 /home/data/MD_traj_dataset/D3PM/0630-5apo-system/1um_cmd
# 将体系的编号，名称整理在 index 中，运行脚本 do.sh 即可
# v100 rsync 到75.3
rsync -rzP MD_auto_finished/ dddc@172.21.75.3:/home/data/MD_traj_dataset/D3PM/0630-5apo-system/MD_auto_finished
# 注意,apo与complex相比 tc-grps 不同


source ~/.gmx2024.sh
####################################  do.sh   #############################################
for i in {6..10}
do 


a=`sed -n "${i}p" index|awk '{print $1}'`
b=`sed -n "${i}p" index|awk '{print $2}'`


mkdir -p $b/md1 $b/md2 $b/md3


gmx_mpi grompp -f md_1us.mdp -c ../MD_auto_finished/result/$a/pre-equ/npt3/npt3.gro -p ../MD_auto_finished/result/${a}/parameters/gmx.top -n ../MD_auto_finished/result/${a}/parameters/index.ndx -o ${b}/${b}.tpr
cp ${b}/${b}.tpr ${b}/md1;cp ${b}/${b}.tpr ${b}/md2;cp ${b}/${b}.tpr ${b}/md3


done
###############################################################################################


bash do.sh
# 2025-07-07 完成tpr生成，随时可以提交MD任务

1us CMD

75.3 /home/data/zyzhou/project/D3PM/0630-5apo-system/1um_cmd/
# 检查是否完成了1um 任务
tail -n140 */*log|grep -A3 Step


# 续跑命令示例
nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm 5aa4_A_pair3 -cpi 5aa4_A_pair3.cpt &


# 确认任务完成后，转移数据至75.2存储
LD_LIBRARY_PATH="" rsync -rzP md2 172.21.75.2:/home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/1um_cmd/3vvx_B_pair4/

• 应该是有个小笨蛋 在conda base里装了高版本openssl 后，rsync 与 openssl 版本不匹配导致rsync 用不了。需要在使用的同时  LD_LIBRARY_PATH="" 清除 conda 的库调用，这样rsync会使用系统默认的OpenSSL库 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libssl.so.3