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  • pH condition for MD traj Dataset
    PDBBind 使用的是中性条件 “For convenience, the “standard” protonation states at neutral pH were applied to the amino acid residues on the protein side. Thus, Asp, Glu, and His residues were negatively charge
    MD 2025-05-28 15:05:21    zhouzhaoyin
  • fix
    GLN110,TYR268 突变实验 TYR268 突变实验（Y268A）有被报道 Schaftoside inhibits 3CLpro and PLpro of SARS-CoV-2 virus and regulates immune response and inflammation of host cells for the treatment of COVID-19 - Scienc
    HSBD 2025-05-26 15:02:00    zhouzhaoyin
  • xxx
    MD 2025-05-26 09:38:46    zhouzhaoyin
  • 5.15 Q&A jawang
    如果现在要做一个CMD轨迹数据集，您认为什么样的力场组合较为合适？ff14SB+Gaff2?盒子大小设置为10A？ 师姐问过了，都是这样的 我们从同一个蛋白的两种晶体结构出发分别进行CMD模拟（1微秒 3），两个结构一个是apo结构，另一个是复合物结构，两个结构的配体结合口袋有较大的不同。我们希望比较他们的CMD轨迹。 CMD模拟基于晶体结构构建初始结构的时候，配体结合口袋存在硫酸根离子
    MD 2025-05-26 09:38:27    zhouzhaoyin
  • D3PM
    布局 # 75.3 # D3PM MD轨迹数据集构建前期工作中，首先测试了MD自动化流程，现在该流程可用，详细内容见对应的笔记 # 输入的体系需要自己手动准备，准备工作统一在sys-pre中进行 (base) dddc@ubuntu:/home/data/zyzhou/project/D3PM$ ls sys-pre test-MD-auto workdir # MD体系构建-
    MD 2025-05-26 09:28:04    zhouzhaoyin
  • 5.20 MD auto test
    脚本改了几个版本，算是解决了一些问题，最后批量提交不同模样体系的时候发现一些问题： pre_equ.py 貌似只能处理与 GPU_DEVICES 参数指定的GPU数量同样的文件夹。 这还蛮不方便的 5-20 12：48 mode 0 测试通过 75.3 /home/data/zyzhou/project/D3PM/test-MD-auto/test/mode0 5-20 17：05 mod
    MD 2025-05-20 19:09:34    zhouzhaoyin
  • 5.12-16 MD auto test & modify
    标注解读 git上版本存在的问题 zyzhou的修改 zyzhou修改后待解决/优化的残余问题（时间关系，先以跑通流程为首要目标） 待解决问题汇总 mdp 需要进一步核对 amber_to_gmx-add_restraint.py 调试的时候输出了一大堆debug信息，后续需要从脚本中将其删除 pre_equ.py 程序运行完成后无法退出 total_control.py 自动判断每个文件夹
    MD 2025-05-19 15:54:25    zhouzhaoyin
  • 5.12 standrad system 3N0Y_2FJT
    从PDB网站中查看该结构具体信息 发现该体系中存在一个非标准氨基酸CSX，无二硫键 判断非标准氨基酸是否需要处理 非标准氨基酸的一些考虑： 该氨基酸是否是结晶所需？若是，AMBER tutorials建议将其转换为标准氨基酸”you need to modify the resulting gfp.pdb file to convert the MSE residues (selenomet
    MD 2025-05-16 16:00:06    zhouzhaoyin