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  • platform & database
    share 2025-06-26 11:32:00    zhouzhaoyin
  • share 2025-06-12 19:46:23    zhouzhaoyin
  • D3PM
    布局 # 75.3 # D3PM MD轨迹数据集构建前期工作中，首先测试了MD自动化流程，现在该流程可用，详细内容见对应的笔记 # 输入的体系需要自己手动准备，准备工作统一在sys-pre中进行 (base) dddc@ubuntu:/home/data/zyzhou/project/D3PM$ ls sys-pre test-MD-auto workdir # MD体系构建-
    MD 2025-06-12 15:59:06    zhouzhaoyin
  • HSP90
    高斯优化 23 /home/databank_70t/zzy/g16/koff-pdbbind/hsp90 ################### do.sh ################################################################## for i in {1..9}; do a=$((i 10)) b=$((a -
    MD 2025-06-09 17:29:22    zhouzhaoyin
  • HSP90
    2025-06-09 高斯优化 23 /home/databank_70t/zzy/g16/koff-pdbbind/hsp90/after_md ################### do.sh ################################################################## for i in {1..9}; do a=$((i
    MD 2025-06-09 17:22:45    zhouzhaoyin
  • after_md
    2025-06-09
    MD 2025-06-09 10:54:08    zhouzhaoyin
  • MD auto 流程测试
    5.29 进度 高斯优化：250 / 569 蛋白结构清洗：10 / 250 预平衡：3 / 10 检查高斯优化情况 tail -n1 /lig / log # 检查是否 Normal termination of Gaussian 16 at xxxxx(Time) 体系 1-100 # 75.3 /home/data/zyzhou/project/koff/pdbbind_
    MD 2025-06-09 10:53:53    zhouzhaoyin
  • Mol2转sdf g16
    5.27 由于 lig_parameter_cal.py 不能自动将任务排队，所以得我分批提交 配体高斯优化 由于脚本里只能识别sdf文件的电荷，原始数据集又没有sdf文件，所以得手动转换 75.3 /home/data/zyzhou/project/koff/pdbbind_dataset/mol2_obabel_sdf for i in `cat index`;do nohup oba
    MD 2025-06-09 10:53:46    zhouzhaoyin