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  • HIS 质子化预测
    Q：HIS 在 生理条件下的质子化状态应该是HID吗？在对PDB库中蛋白结构进行质子化预测时，如何确定氨基酸的质子化状态？目前市面上的质子化预测软件如pdb2pqr用的是什么算法？ 玻尔AI的回答： 在生理条件下（通常指 pH 约为 7.4），组氨酸 (Histidine, His) 的咪唑侧链具有接近中性的 pKa 值，这使得它在生理 pH 范围内可以处于质子化（带正电，HIP 状态）、去质子化
    share 2025-06-07 11:33:51    zhouzhaoyin
  • discussion
    share 2025-06-07 11:31:40    zhouzhaoyin
  • hiv-1
    高斯优化 24 /home/databank/zzy/g16/koff-pdbbind/hiv-1 ################### do.sh ################################################################## for i in {1..4}; do a=$((i 10)) b=$((a - 9))
    MD 2025-06-05 16:33:06    zhouzhaoyin
  • koff dataset SMD
    680个复合物体系 探索过程 PDBbind koff 数据集下载下来有两个文件夹 after_md initial_structure initial_structure 是从晶体结构收集的，如果配体没有复合物结构，用对接获得坐标 after_md 是跑了 2ns 限制性MD后的结果 initial_structure 里的配体结构都有挺多问题的 如 5j86_ligand_30_5
    MD 2025-06-05 15:17:05    zhouzhaoyin
  • Schrodinger
    https://downloadly.net/2020/20/7589/03/schrodinger-suites/00/?#/7589-schrodin-062201061413.html薛定谔安装包下载网站 172.21.75.1 (4090) /home/dddc/zzy/software 原文件位置：172.21.85.23 /home/dddc/software/Schrodinge
    share 2025-06-05 11:53:56    zhouzhaoyin
  • modification
    atom_name_check.py 75.3 /home/data/zyzhou/project/D3PM/test-MD-auto/raw_test_modify/pre_equ_modify/pro_clean # 在测试中发现当氢原子穿插出现在 SDF 文件中 时不能正确匹配和更新非氢原子的坐标 # 已做了修改，可以正确处理该情况下的配体 lig_parameter_cal.py
    MD 2025-06-04 19:00:22    zhouzhaoyin
  • pH condition for MD traj Dataset
    PDBBind 使用的是中性条件 “For convenience, the “standard” protonation states at neutral pH were applied to the amino acid residues on the protein side. Thus, Asp, Glu, and His residues were negatively charge
    MD 2025-05-28 15:05:21    zhouzhaoyin
  • fix
    GLN110,TYR268 突变实验 TYR268 突变实验（Y268A）有被报道 Schaftoside inhibits 3CLpro and PLpro of SARS-CoV-2 virus and regulates immune response and inflammation of host cells for the treatment of COVID-19 - Scienc
    HSBD 2025-05-26 15:02:00    zhouzhaoyin