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  • MD auto 相关注意事项
    MD auto 更新日记 2025-5-29 修改 atom_name_check.py 解决当氢原子穿插出现在 SDF 文件中时不能正确匹配和更新非氢原子的坐标的问题 支持mol2文件输入 现有版本的注意事项 version 2025-5-29 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/MD-automation/example/scripts-cl
    share 2025-07-22 13:56:54    zhouzhaoyin
  • 7.13 6-10 pair
    6-30 准备的体系用蓝色标出，7-13准备的体系用绿色标出 7-13 体系（6-10pair） apo 体系 蛋白检查 & 清洗 pdb2pqr的输出结果要仔细检查氨基酸序列是否缺失 # v100 /home/databank/zzy/project/D3PM/0630/clean_system/pdb2pqr/0713/clean_system/pdb2pqr # 从PDB
    MD 2025-07-18 19:47:51    zhouzhaoyin
  • Temp generator-adjustment for vsREMD
    24 /home/databank/zzy/project/MD/temp-adjust/20240228/sucess/grep_exchange nohup mpirun -np 90 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md1 md2 md3 md4 md5 md6 -replex 1000 & # 0.1ns test for a in $
    MD 2025-07-18 09:37:44    zhouzhaoyin
  • 2025 progress
    HSBD 2025-07-15 09:44:45    zhouzhaoyin
  • system pre
    MD 2025-07-07 18:52:35    zhouzhaoyin
  • command
    代码思路 1.先明确想做的事，人该怎么做 2.写伪代码，小规模测试 3.写正常代码（可以尝试GPT） 跨服务器传输（同步） # md2 是当前服务器目录下，你要传输（同步）到另一台服务器的文件夹名称 rsync -rzP md2 172.21.75.2:/home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/1um_cmd/3kr9_A_pair5/ python ar
    share 2025-07-07 09:26:10    zhouzhaoyin
  • obabel
    计算重原子数 obabel vs Chemistry Toolkit Rosetta — Open Babel openbabel-3-1-1 documentation obabel frag_4.2_C2H5NO2.pdb -otxt --title "" --append atoms -d num=`obabel frag_4.2_C2H5NO2.pdb -otxt --title ""
    share 2025-07-05 15:44:25    zhouzhaoyin
  • food_etcm
    23 /home/databank_70t/zzy/database/food_tcm/0623_all 结构检索 23 /home/databank_70t/zzy/database/food_tcm/search_structure
    share 2025-06-26 11:33:36    zhouzhaoyin