Autodock

-edit by 周丽萍
AutoDock4.2.6_UserGuide.pdf

下载及安装

需要配合mgltools一起使用，所以需要先安装mgltools
Download AutoDock4 – AutoDock (scripps.edu)
二进制版本，解压即可使用

对接流程（以带Ga金属配位的68Ga-FAPi04为例）

准备配体文件

因为gasteiger charges不能处理其中的Ga原子，所以用chem3D算出partial charge，将小分子存成mol2格式，并将最后一列电荷信息替换为算出来的partial charge
生成pdbqt格式 (205服务器）
  • conda activate mgltools
    • 

  • prepare_ligand -l D2-charge.mol2 -C -o test.pdbqt #-C代表使用自带的电荷
普通的小分子不需要以上步骤，只需要执行（程序默认在ph=7的情况下对小分子进行加H，计算电荷并合并非极性H）
  • prepare_ligand4 –l ligand.pdb

准备受体文件

程序默认在ph=7的情况下对小分子进行加H，计算电荷并合并非极性H。如果需要用配体自带的加H处理，加-C参数即可（前期用pdb2pqr或者maestro处理都可）
  • prepare_receptor -r 1z68_pre.pdb

准备参数文件

（202服务器上）
  • conda activate mgltools
    • 

  • pythonsh /home/zjxu/anaconda3/pkgs/mgltools-1.5.6-1/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_gpf4.py -l test.pdbqt -r 1z68_pre_model1.pdbqt
    • 

  • pythonsh /home/zjxu/anaconda3/pkgs/mgltools-1.5.6-1/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_dpf4.py -l test.pdbqt -r 1z68_pre_model1 .pdbqt
因为Autodock自带的参数文件中不能识别Ga原子，所以需要修改AD4_parameters.dat文件
Autodock 默认的原子类型及力场添加操作 - Powered by Discuz! (bioms.org)
  • locate AD4_parameters.dat
    • 

  • 将Ga对应的信息加入（从以上链接中找）
修改gpf文件（主要是第一行，格点的中心和大小）如果没有特殊的原子，第一行可不加
修改dpf文件（主要是第一行，需要重复的话，需要修改seed参数为两个整数值）

生成格点文件并对接

（205服务器）
  • ~/prog/x86_64Linux2/autogrid4 -p 1z68_pre_model1.gpf
    • 

  • ~/prog/x86_64Linux2/autodock4 -p test_1z68_pre_model1.dpf

处理对接结果

处理方式一：将生成的dlg中的结构以及打分信息处理出来，生成一个pdbqt文件
  • grep "DOCKED:" test_1z68_pre_model1.dlg |sed 's/DOCKED: //g' >out.pdbqt
    • 

  • grep 'Estimated Free Energy of Binding' out.pdbqt > score.dat
处理方式二：将生成的dlg中的结构以及打分信息提取出来，生成单个pdbqt文件，并且以打分命名
  • grep "DOCKED:" test_1z68_pre_model1.dlg |sed 's/DOCKED: //g' >out.pdbqt
    • 

  • csplit out.pdbqt /\\ENDMDL/+1 {*} -n2 -f single -b "-%d.pdbqt"
    • 

  • for i in `seq 0 9`;do j=`grep "Estimated Free Energy of Binding" single-$i.pdbqt|awk '{print $8}'`;mv single-$i.pdbqt single-$j.pdbqt;done