log

2025-7-4:75.2~/Backup/History_on_Pocket2Druggability是该课题的备份路径。

2025-7-7:等明天讨论的结果

2025-7-8：现在的结果是需要完成的一个管线：

MD数据->fpocket/d3pocket->比较结果，发现其中口袋的特征，统计规律

2025-7-14：有点搁置了，感觉锦添师姐数据应该差不多了，稍微花点时间部署D3pocket & fpocket

尽快提交下。描述一下数据集：目标文件夹，75.2~/jintian/AI-NCI/

dynamicPDB:原始数据，每个体系100ns&1000帧

MISATO:另一个数据集，每个体系10ns&100帧

dynamicPDB_2050710_clean是dynamicPDB处理过的数据

注：每个体系文件中的.dat文件是RMSD的记录文件，注意clean中是参考的原始蛋白结构，MISATO参考的是初始结构。另外MISATO中的体系是带配体的复合物体系，MISATO目录下的apoprotein就是没有配体的了。另外，MISATO的体系存在多链的情况，存在蛋白链的冗余。

复制到 我的Backup/Dataset

2025-7-16:虽然还没cp完，但是可以先部署d3pocket，需要考虑哪台服务器，1）空间足够 2）cpu性能够。不用移植，85.23上面就有，虽然但是这文件组织真的给我整吐了，强迫症犯了。真的好想全部删了重写，哪有这么写代码的，后期维护起来的想想头皮就发麻。算了，算了，这样吧

测试：85.23：/software/D3Pockets_WEB_UCB

conda activate D3pockets

nohup bash D3Pockets_MD_Script.sh &

pid:201156

测试完成，看看啥样。

mad，这都输出了啥啊，样本量不要太大了吧。。

2025-7-17：需要整理下，最终数据的数据的类型，对应说明的问题。

2025-7-21：活人微死，谢谢。真的，这周开始D3pocket的数据分析了。统计个啥呢。基于什么呢，基于形状吗？考虑残基吗？还是啥啊，好问题。先做出一版来吧

2025-7-22:嘿，nc的一天从忘记带电脑充电器开始。虽然但是想一下任务：路径整理到数据库中，后续直接跨服务器操作。先录入数据库。

数据库的建立

R==relation，E==entity

E<-Md_files(filename,filepath,filetype)好像只需要这么一个简单的表就可以了。数据库就命名为Files，还是没有还是，没必要。起名字啥的最讨厌了，FILEs太笼统了，好不容易起了个DataFiles;

有些需要注意的：1）路径 2）更新

接下来就是开始，还好写了log，不然文件组成就要了老命了。根据需求建表。需求的是蛋白pdb文件和轨迹xtc文件。现在还需要稍微转换下：

1）gmx转换

2）python转换（MDanalysis)

我的建议是都来，然后比较下。

现在先用python转换：

/home/databank/gxxu/Backup/Moleculardynamics/4D3pocket_input/shs$ python 2xtc.py -i ../../Source/dynamicPDB_250710_clean/ -o ../ 

修改一下d3pocket的脚本，改成每个对一个。

2025-7-23:部署在75.4，conda，pymol==2.2.0为啥安装不上。哎，其实自己不太想面对，这python的版本太低了。一更新，tmd就有可能要动底层代码。就很难受。为什么啊，为啥是2.x版。要不这样，运行下脚本，然后一个个统计,稍微写了一个D3Pocket3(75.4)

2025-7-24:pdbdynamics已经转换为d3pockets的输入文件了。然后MISATO换分为单链也处理完了,但是脚本是错的。注释一下，4D3pocket_input中MISATO都没有单链的

现在把pdbdynamics的信息录入数据库。后面把MISATO处理完蛋白链冗余后也录入。

2to3 -w D3Pockets_WEB_UCB给升级到了python3了，但是出现了不兼容问题，

bug记录：

d3pocket.py中96行，缩进

drawnetworksinmoregraph.py 200行，括号封闭

356行，输出语句

clusterpkt_resid.py", line 14,废弃函数sys' has no attribute 'setdefaultencoding'.

drawnetworksin1graph.py", line 185,prenode = sorted(confpkt.items(), key=lambda item: item[1], reverse=True)[0][0]

在 Biopython 1.78+ 版本中，SCOPData 模块已被弃用并移除。

protein_letters_3to1 函数已迁移到 Bio.Data.IUPACData 模块。所以修改draw_sitestable.py文件。

现在最大的问题是MISATO，好象处理完了//NOOOO,没有提取，但是都是默认A链。路径：/home/databank/gxxu/Backup/Moleculardynamics/Source/MISATO/MISATO_MD_pdbs_apoprotein_mono，nohup python batch_extract.py --input ../../MISATO_MD_pdbs_apoprotein --output ../ &

您猜怎么着，还是不行。

2025-7-25:为啥，升级到python3，这结果就天差地别了。我再相信一次,怀疑是重构的时候的问题，

bug:

文件: genpktsmvbyres.py

行号: 164

错误内容: raise "error no 1"

文件: ressite_stable.py

行号: 57

错误内容: raise "error!!"

原因: Python 3不再支持直接使用字符串作为异常对象（这是Python 2的特性）

文件: drawnetworksinmoregraph.py

错误类型: ParseError

细节: 在201行20列附近遇到意外的冒号(:)，就是上面括号的问题

文件: format_pocket.py

错误类型: ParseError

细节: 在19行7列附近遇到意外的换行符(\n)

drawnetworksinmoregraph.py", line 355

    print "finsh: ",netinf

   mmd，还得手动来。代码写得稀烂，2to3根本跑不动。开始修bug，

   read_traj_single_frames.py输出问题

   PyPocket_Detect4MPI.py输出问题

   喵的，直接全部修了吧。现在有一版了，还是不行

  2025-7-26：数据准备好了，就看如何升级或者用旧版.又重新开始了

     妥协以下，D3pocket2-对应原来代码，妥协不了一点，pymol都装不了。

     D3pockets对应可能转换后的代码。

2025-7-31:那个问题不是问题

75.4上的测试是2to3，然后手动修改的代码。(D3pocket3..)

2025-8-1:开始改bug，真不如重写

read_traj_single_frams:for id in outrajid:  # ❌ id 是内置函数 id()

一轮修改，先整合到一起了

二轮修改，逻辑重构

三轮修改，bug修改

2025-8-16:85.23上批量处理获取的脚本已经完成在dddc/gxxu/D3*/D3*/D3Pockets_MD_Batch.sh

应该没啥问题，测试pid:75271。另外利用ai检查了detect相关的代码。

2025-8-18：一步步来，现在我们专注于输入输出流，不注重于算法。并且对每个模块进行单项测试测试的路径在75.4/home/dddc/gxxu/D3pockets/test，环境D3pockets

测试命令：python main.py -p ./data/look.pdb -x ./data/md-nowater-every1ns.xtc

今天测试到，pdbfiles=pocket_detector.cluster(output_dir=os.path.join(args.output,'clustered'),cluster_method=args.cluster_method,write=True)

1/29测试通过

差不多可以进行到detect的测试：2/29

开始测试mpi下的detect，测试路径：75.4/home/dddc/gxxu/test/test_2_29

测试命令：mpiexec -n 4 python main.py -p ./data/look.pdb -x ./data/md-nowater-every1ns.xtc 

暂时没通过，在修改分布式问题。仔细分析下来，pocket_detect类并不合理。不如单纯的函数实现...

函数级隔离过不去了。

391197，测试一下会不会结束。感觉不会，这样吧，我们先跳过并行部分，专注于文件流的处理。明天继续2/29测试。

2025-8-19:2/29测试通过。并行化以及detect过程的优化后面再说，现在开始3/29

2025-8-20:3/29测试通过，大差不差，series.py好像没啥用。开始4/29测试:getpits，测试通过。

开始5/29测试：densityball_clu.py，测试通过。开始6/29测试：genpml.py。开始7/29测试：genstable_pml完成测试。开始8/29测试。

2025-8-21:8/29测试通过。开始9/29测试：summary,测试通过。下一个测试：10/29：genpocketsmvpml。测试通过。11/29：gennetwork1input测试通过。下一个12/29：drawnetwork

2025-8-22:草了，不是代码的问题。准确来说不是我修改后代码的问题。是tmd他默认第一个就是一个size=1的节点。问题出在前面没排序。12/29测试通过。13/29：gennetworksinput测试通过。

结果和原来的有细微的差别。

上面之前，下面之后。

源自于聚类的结果。

开始14/29测试：drawnetworksinmoregraph.py。之前的报错就出在这里。删了，我们就用默认的。测试通过。开始15/29测试，drawnetworksin1graph.py。测试通过。16/19测试network2mvpml，17/29测试gencontinuity_pse.py通过。18/29测试：getatom,测试通过。

19/20：ressite_stable测试通过。20/29：draw_stable：测试通过。

2025-8-23：21/29测试：gen_colorpktresipml，测试通过。22/29测试：create_sqlite.py，改成mysql的，手动创建这么一个库。ok，75.2 库：pktsatmclu，表：CREATE TABLE IF NOT EXISTS pktsatmTab (

    id INT PRIMARY KEY AUTO_INCREMENT,

    cluid VARCHAR(255) NOT NULL,

    clusize VARCHAR(255) NOT NULL,

    pktatmfile TEXT,

    simm_avg VARCHAR(255) NOT NULL,

    pktatmfiles TEXT NOT NULL

) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8mb4;

    一下内容遗弃了：SQLITE_DBNAME = "pktsatmclu.db"

    SQLITE_TABLE = "pktsatmTab"

    conn=sqlite3.connect(SQLITE_DBNAME)

    cu=conn.cursor()

    create_tb_sql='''CREATE TABLE if not exists pktsatmTab (

                id integer primary key autoincrement,

                cluid TEXT NOT NULL,

                clusize TEXT NOT NULL,

                pktatmfile TEXT ,

                simm_avg TEXT NOT NULL,

                pktatmfiles TEXT NOT NULL

                )'''

    try:

        cu.execute(create_tb_sql)

    except:

        print ("Table exitst")

    cu.close()

    conn.commit()

    conn.close()

    下一个测试：23/29：clusterpkt_resid,测试通过。下一个：24/29：genpktsmvbyres，测试通过。下一个测试25/29：gencommonpktmvpml，测试通过。下一个测试 26/29:drawmat_heatmap

 通过。死了得了。27/29：volume_correlation，测试通过。28/29：matrix2heatmap，测试通过。

 29/29：selectPocketCorrelation,测试通过！！

 2025-8-24：continuity那里用新的pymol打开还是有点问题。总之除了并行，所有测试结束了。接下来是优化，重整化，与新功能开始。现存档一下：75.2/home/databank/gxxu/Backup/History_on_D3pockets_2.0/D3pockets_py3

 pdbdynamic计算中断：3mfd，重启了。

 2025-8-25:开始D3pocket的优化，首先一点是绘图优化。matrix2heatmap用一个函数测试：测试通过。

 2025-8-26:Drawer3D类统一生成Pse文件，跳过pml的生成，pml内容写入log文件。测试路径还是：/home/dddc/gxxu/testpy3_re/test_re_1 测试通过。

 2025-8-27:continuity的pse文件也通过genPse函数，测试路径还是/home/dddc/gxxu/testpy3_re/test_re_1，草了，stability咋还不能用了，stability写错了。现在测试通过了。开始下一轮修改，test_re_2:drawnetworksinmoregraph.py,drawnetworksin1graph.py,drawnetwork.py 主要是优化整合这三个函数。不过首先，我把matrix2heatmap整合到drawer2D中了，没啥问题，但是漏掉了correlation的pse绘制过程，这必须整上，然后再drawnetwork，genCorrelationPse，测试路径：/home/dddc/gxxu/testpy3_re/test_re_2,测试通过。现在开始关于network的draw整合.

 我稍微试一下drawmorenetwork替到drawnetwork的，结果是不是一样的。统一一下输入绘制network的文件的内容格式，第一列都不带路径。问题在于图生成的逻辑tmd统一，现在75.4中是1的生成逻辑，本地是s的生成逻辑。

 2025-8-28:事实证明用s的生成逻辑就可以。然后整合到drawer2d上。drawnetwork*都整合到Drawer2D中了，测试通过，test_re_2结束

 2025-8-29:今天，我么写一个GPU加速pocket_detect的版本，test_re_3先修改pocket_detect中调用的函数，然后再test_re_4中完成CUDA加速版本，混合版本之后再说。算了，哥们懒得优化这些函数来，直接写核函数哪

 策略：编写C++/CUDA核函数 b. 创建Python调用封装 c. 优化数据传递 d. 性能测试

 2025-8-29:对pdbdynamic已经去全部处理完了。1185个

2025-8-31:CUDA并行化，先到这里吧。在另一台电脑上。先处理pdbdynamics的结果，处理脚本在p75.2:~/dbdynamics/analysis,明天在继续分析

2025-9-1：分析的结果出来了，有个问题：为啥pdbid是上万个..

1185pdbid中只有13个成药的蛋白。以下是分析输出记录：

‘’‘从数据库中获取了16503个PDBID(去重前)

去重后剩余15373个唯一PDBID

Analyzing PDBIDs: 100%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 1185/1185 [10:03<00:00,  1.96pdbid/s]

处理的PDBID总数: 1185

其中成药蛋白: 13个

非成药蛋白: 1172个’‘’

显然统计量太小，两者没有显著差异

以上都是continuity，以下是stability

现在开始把MISATO_over 用import2mysql导入DataFiles数据库，然后用D3pocket*MD*Batch，处理，输出到/home/databank/gxxu/D3pocket_Result/MISATO

85.23:~/gxxu/D3P~WEB/**/read_traj* .py 增加了帧文件的导入方式，然后修改了批处理过程。

DataFiles增加帧文件表。

有点问题，gene_target中是肿瘤的，我们还是要所有的,所以新建了FDA_approved表。新的结果替换了原来的结果。还是在analysis中，本地是（analysis_drugbank)

新的结果如下：

stability

correlation

2025-9-4：cuda_interface的测试文件：test_cuda_interface.py通过。在test路径下，核函数是test_kernel.cu。我非常想吐槽一下，有时候他能跑，有时候跑不了。就cuda时连时不连。测试路径在test_re_4

2025-9-5:开始PocketMatrix测试，测试路径：test_re_5

2025-9-6：在75.1/gxxu/tmp中编译了一下，cuda_ops_test编译成功，说明核函数没有一点毛病，还是参数传递的问题。没有g++他怎么预编译的呢？现在来确定是哪个参数传递的问题。救命啊，我到底干什么，他怎么就跑起来了。但是可以确定的是cuLaunchKernel传入的params一定是指针。

test_re_5/test_pocket_matrix通过，test_pocket通过。///虽然我不知道代码算法是否有变化

开始test_re_6:集成测试，python main.py，和算法修正，新建了输出路径results用于区分output中的参考输出，预计能控制在4min内

2025-9-7：现在是整合一下新的代码。