Drugbank
目标：1.从full database.xml中设计出一个可以利用的表
drug_info（drugid，drugname,structure,FDA_approved,Eu_approved)
drug_target(drugid,gene_name,genbank protein id, genbank gene id, uniprot id, uniprot title,
pdb id ,genecard id, genatlas id, HGNCid Species)
Drugbank版本：2025-10-11
导入路径：75.2：~Drugbank/import_drugbank.py
表结构如下：-- 药物基本信息表
CREATE TABLE IF NOT EXISTS drugs (
drugbank_id VARCHAR(20) PRIMARY KEY,
name VARCHAR(255),
description TEXT,
cas_number VARCHAR(50),
state VARCHAR(50)
);
-- 药物结构信息表
CREATE TABLE IF NOT EXISTS structures (
drugbank_id VARCHAR(20),
inchi_key VARCHAR(255),
molecular_formula VARCHAR(100),
smiles TEXT,
inchi TEXT,
PRIMARY KEY (drugbank_id),
FOREIGN KEY (drugbank_id) REFERENCES drugs(drugbank_id)
);
-- 药物靶点信息表
CREATE TABLE IF NOT EXISTS targets (
id INT AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,
drugbank_id VARCHAR(20),
gene_name VARCHAR(100),
uniprot_id VARCHAR(20),
locus VARCHAR(100),
specific_function TEXT,
FOREIGN KEY (drugbank_id) REFERENCES drugs(drugbank_id)
);
-- 药物批准信息表
CREATE TABLE IF NOT EXISTS drug_approvals (
id INT AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,
drugbank_id VARCHAR(20),
country VARCHAR(50),
status VARCHAR(50),
approval_date DATE,
FOREIGN KEY (drugbank_id) REFERENCES drugs(drugbank_id)
);
-- 药物相互作用表
CREATE TABLE IF NOT EXISTS drug_interactions (
id INT AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,
drugbank_id VARCHAR(20),
interactant_id VARCHAR(20),
description TEXT,
effect VARCHAR(100),
FOREIGN KEY (drugbank_id) REFERENCES drugs(drugbank_id),
FOREIGN KEY (interactant_id) REFERENCES drugs(drugbank_id)
);
2025-10-13：想死了，全库文件中8.9%的药物有结构信息，我再检查下药物基本信息表，好吧也有些不全，不过都还好。现在写一个脚本利用chemspider补全structures表。
先总结下import_drugbank.py肯定是根据sql文件创建表，然后把full database中内容解析进数据库。
补全脚本：
supplement_structures.py 利用chemspider补全structures表,chemspider被封了，用cas_common chemistry
完成了补全，用fix_structures脚本去除了属性的多余字符。
以上两个脚本python * 即可。
####################补充内容#################################
药物在不同疾病的中可能有不同的审批状态，比如在糖尿病中approved，但是在肿瘤中investigational。
2025-10-28：
##验证药物审批状态