多尺度生物药靶数据库（MS-BioDT）建设

#define Research Scales:
#Cell/Organism只是标识，代表尺度范围，不代表任何实体
{
  • Atom|unconcerned temperory；
  • (subMolecule,Molecule,MacroMolecule);
  • (subCell, Cell, macroCell);
  • (sub*******)
  • (subOrganism, Organism, macroOganism);
  • (subCommunity, Community, macroCommunity)
}
#规定同尺度的二元或多元作用包含该尺度的数据库中，跨尺度的二元作用或多元作用需要创建新的数据库。
##这里定义pocket为位置依赖的作用系
##虽然可能蛋白和基因是相同的名称，但是在Molecules数据库中是不同的实体，因为Moleid不同
###核心原则pdbid/uniprotid以PDB数据库为准
###约定：蛋白的Name用全写，Gene的name用缩写Molecules数据库中的TTDid
####约定：TTD中的TARGETID等于
Cell database{
  • Cellinfo{
    • cellid;
    • type;
    • feature1;
    • feature2;
    • ……；
  • }
}
Molecule database{
  • MoleculeInteraction{
    • id;
    • pMoleid;
    • sMoleid;
    • type;
    • medium;
    • status;//experimented（蛋白晶体结构复合物证明），这里需要的是直接的实验或计算证据。
    • feature;
  • }
  • macroMoleculeInfo{
    • Moleid;
    • type;
    • sequence;
    • feature;
  • }
  • SameMacroMolecule{
    • Moleid;
    • pdbid;
    • uniprotid
    • TTDid;
  • }##Macro Molecule level
  • PocketInfo{
    • pocketid;
    • type;# option: virtual,verified,
    • volume;
    • feature1;
    • feature2;
    • ……
  • }
  • MoleculeInfo{
    • Moleid；
    • SMILES;
    • InCHI;
    • InCHIkey;
    • drugStatus;
    • feature1;
    • feature2;
  • }
  • SameMolecule{
  • Moleid;
  • Casid；
  • pdbLigand;
  • Drugbankid;
  • drugName;
}