D3pocketsMD

目的：主要进行一些动力学模拟，然后导入D3pockets数据库
MD.Question&Tip：
Q.空蛋白是不是：移除原配体：grep -v "HETATM" 1ABC.pdb > apo.pdb；会不会删掉其他亚基？
T.删除配体后，要经过pdb4amber -i input.pdb -o cleaned.pdb --dry(--reduce)，进行预处理，感觉是很重要的一步
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2025-11-6：