周丽萍 @957zlp

amber,gromacs,charmm互转 import parmed as pmd amber = pmd.load_file('prmtop', 'inpcrd') # Save a GROMACS topology and GRO file amber.save('gromacs.top') amber.save('gromacs.gro') # Save a CHARMM P

理论： 研究系统的两个状态的自由能变化也由一个耦合变量λ连接, 初态时λ= 0,终态时λ= 1. 通过连续改变λ, 得到一系列介于初态和终态的中间态, 通过对这些中间态的取样, 最终计算得到自由能变化数据. 以 H 表示研究体系在某个状态λ下的能量, 则其具体的自由能计算公式为： 由于在实际应用中, 无法得到连续变化的相关数据, 只能为λ设定一些差异较小的离散值. 通过对研究体系在不同λ对

生物电子等排体 药效团 子结构搜索：isis/base chemoffice chemfinder 结果都差不多 相似性搜索与子结构搜索的区别？ 基于配体的药物设计： 数据收集 生成药效团：小分子对活性最重要的3D空间排布 生成新结构 基于药效团的药物设计： 有complex结构的情况下，叠合complex结构中的小分子，找出药效团 没有结构的情况下，可叠合多种小分子（先做构象搜索

AlchemistryWiki 208服务器上有 gromacs 算蛋白配体绝对结合自由能 Absolute Binding Free Energy - Gromacs 2016 - AlchemistryWiki 大致的流程分为三部分： 算配体的decoulping过程，算溶剂化自由能 算复合物的decoulping过程(处理数据时取负号） 限制势的矫正项 原理： 在这

更改PPT输出图片默认分辨率 1. PowerPoint2019版本 2. win + R 输入regedit，确定 3. 找到目录：计算机\HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Office\16.0\PowerPoint\Options 4. 在右侧空白的地方右击鼠标，新建“DWORD(32位)值(D)”，此时会自动创建一个文件 5. 将新建文件的名称改为E

根据分隔符分割字符串的函数 通用公式 分割左侧文字的通用公式 =LEFT(text_string,FIND("Char", text_string)-1) 分割中间文字的通用公式 =MID(text_string, FIND("Char", text_string) + 1, FIND("Char", text_string,FIND("Char", text_string)+1) - FIND(

df -h 查看所有盘内存 du -sh 查看某个文件夹里面的内存占用情况 sleep s/m/h/d 延迟多少时长后再执行命令，可加在脚本中 ps aux|grep 根据ID或者任务名称查找命令 nvidia-smi 查看GPU使用情况 服务器之间传输文件：scp -r -P 22 "/home/data/zlp/sars-cov2/7lqv_test/wt3/" chpeng@1

LSF(load sharing facility)是一个被广泛使用的作业管理系统，具有高吞吐、配置灵活的优点。通过 LSF 集中监控和调度，可以充分利用计算机的CPU、内存、磁盘等资源。 命令： bjobs ：查看系统的job bsub：提交作业 bhist：查看作业历史 bkill： kill一个作业 bqueues：可以查看队列情况 使用步骤 1. 登陆超算服务器 命令行窗