药效团生成

生物电子等排体
药效团
子结构搜索：isis/base  chemoffice chemfinder   结果都差不多
相似性搜索与子结构搜索的区别？
基于配体的药物设计：
  • 数据收集
  • 生成药效团：小分子对活性最重要的3D空间排布
  • 生成新结构
基于药效团的药物设计：
  • 有complex结构的情况下，叠合complex结构中的小分子，找出药效团
  • 没有结构的情况下，可叠合多种小分子（先做构象搜索，最好横跨多个活性水平），找出药效团的空间排布，只有一个小分子的话，刚性越大越好
  • 新分子的设计：化学修饰、数据库搜索、de novo，manual
基于受体的药效团生成
基于配体的药效团筛选
薛定谔：phase--develop pahrmacophore model 
基于多配体的药效团生成：生成带活性的数据库（isis/base)，导出sdf，import 入maestro
先做ligprep，用develop pahrmacophore mode定义活性与非活性的小分子，run（构象搜索，叠合）
基于单分子的药效团生成，可自选药效团元素（一般四五个）