周丽萍 @957zlp

服务器205 生成口袋 python27ana /home/zqchen/D3Pockets_WEB_UCB/PyPocket_Detect.py -r test.pdb 生成口袋的atm和pit文件在同一个文件夹 生成静态性质 atm,pit以及原始的pdb需要在同一个文件夹下 python27ana /home/zqchen/D3Pockets_Descriptors/d3pocket

解压缩源代码 tar xvf D3Pocket_web_ucb.tar.gz 配置环境，安装相应的包 conda create -n D3Pockets python=2.7.14 biopython=1.71 cycler=0.10.0 enum34=1.1.6 kiwisolver=1.0.1 numpy=1.14.2 Pillow=5.1.0 pyparsing=2.2.0 pytho

Glide How do I dock ligands that contain metals with Glide? | Schrödinger (schrodinger.com) 只有金属为0价，并且配位原子个数不能超过金属本身电荷数时才能正常ligpre，并且有些体系即使通过了ligpre，也不能生成对接构象（原因未知） Gold 对于电荷的处理很粗糙，难以解决金属离子给定电荷的情况

分组柱状图 #统计每个数据库形成氢键的氨基酸偏好性，分组柱状图 dataset_names = ["DrugBank_with_approved_sm", "PDB_with_X", "PDBbind"] colors = ['#00bfc4', '#f9766e', '#6495ED'] width_multi = [1,0,-1] plt.figure(figsize=(10,6))

GetPDB 配置教程见 如何批量下载指定一系列蛋白质的结构？ - 知乎 (zhihu.com) （julia最好安装高版本的，不然后续安装其他包的时候会出现问题） 另外需要安装dos2unix (19条消息) Linux安装dos2unix的方法—绝对完全有用_qq_41453116的博客-CSDN博客_dos2unix安装 tar xvf hd2u-1.0.0.tgz cd hd2u-