gaoxiangxu @gaoxiangxu

#听起来像解酒药，真的是解醛中毒，乙醛(sub)，丙二醛，4-HNE<-ALDH2，乙醛脱氢酶2，但是在其他疾病中也有类似的醛反应。 进展药物FP-045/040,失败药物Alda 然后项目主要想用Gab（加贝酯），体外不行，体内行，经典矛盾 口袋酰胺位点，促使酯键水解，产生酰胍 K434位点在口袋外，但是在催化区域。，而且位于二聚体界面，而且位于β17于αM的交接，属于高表面暴露区 假设稳定构象

目标：1.从full database.xml中设计出一个可以利用的表 drug_info（drugid，drugname,structure,FDA_approved,Eu_approved) drug_target(drugid,gene_name,genbank protein id, genbank gene id, uniprot id, uniprot title, pdb id ,g

2025-10-15: 现在这部分独立成log，专注于成药性评价成药性口袋辨别的功能实现，脚本：75.2~4Druggability/pockets_statistic.py 命令python pockets_statistic.py -i ../pdbdynamics -o output/ -d 10 -t 0.1 进展:现在除了Drugbank中structures表的没有完善，pockets

2025-7-4:75.2~/Backup/History_on_Pocket2Druggability是该课题的备份路径。 2025-7-7:等明天讨论的结果 2025-7-8：现在的结果是需要完成的一个管线： MD数据->fpocket/d3pocket->比较结果，发现其中口袋的特征，统计规律 2025-7-14：有点搁置了，感觉锦添师姐数据应该差不多了，稍微花点时间部署D3pocket &

-2025-10-28：最新的D3pockets的druggability的参考是： Computational design of allosteric pathways reprograms ligand-selective GPCR signaling（ https://doi.org/10.1101/2025.08.13.670154） -2025-10-16计算方法调研总结： Meta

read_traj_single_frames.py.get_cluster_hierachical: # fcluster 返回的簇编号从 1 开始（maxclust 模式下） for i in range(num): # ❌ 这里 i 从 0 开始循环 li = np.where(cluster == i)[0] # 实际永远找不到 label=0 的簇 # 当 cluster