加贝酯共价结合K434激活ALDH2机制解析

#听起来像解酒药,真的是解醛中毒,乙醛(sub),丙二醛,4-HNE<-ALDH2,乙醛脱氢酶2,但是在其他疾病中也有类似的醛反应。
进展药物FP-045/040,失败药物Alda
然后项目主要想用Gab(加贝酯),体外不行,体内行,经典矛盾
口袋酰胺位点,促使酯键水解,产生酰胍
K434位点在口袋外,但是在催化区域。,而且位于二聚体界面,而且位于β17于αM的交接,属于高表面暴露区
假设稳定构象和四聚体形成,不是以催化活性取胜,而是以量取胜。
ALDH酶的辅因子or共底物:NAD+
1o00
因为是四聚体,所以是一个K434 gab interact就可以,还是四个K434都会gab interact
听起来是434位点的突变,然后导致口袋的变化。
为什么?
哪些参与?
分子筛
需求:
1)稳定性变化
2)界面网络变化
3)扰动的主成分路径
4)鉴别出酶活的关键构想
自由能点图的偏移鉴定酶活构想的区域,共价修饰后的关键构想。
ALDH2的早期的计算,给出已有的过渡态的数据,也是关键步骤。
反应过程可能是ms级别,
模拟系列:(apo_WT, apo_Mut)×(Gab, NAD,  HNE*)**3
PH:8.0/7.6~ 最好是生理状态,肝脏线粒体中PH还是(7.8~8.0)
蛋白序列一致,全长模拟。
蛋白中有金属离子,Na+,Mg2+,看周围有没有配位键,非共价处理。