hanzijian @hanzijian

1.蛋白前处理 PDB网站获得的结构往往发生残基缺失，需要进行补全，或者使用同源建模的结构。尽管同源建模和晶体结构RMSD很小，实际上有很多残基都会发生一定角度的偏离，有时可能会造成结果的定性错误。因此补全晶体结构的好处是结构更准确，但操作繁琐。使用同源建模操作简便，但可能带来误差。在实际情况中，有些问题可以使用同源建模（比如根本没解析晶体结构，就是希望引入偏差），有些问题则更建议使用晶体结构。

功能 为小分子配体按gjf格式补齐所需的所有参数。 准备工作 当前目录（根目录）下存放该脚本，以及每个体系的相关文件的子文件夹，如4B4M，6FER。 每个子文件夹内需要有： 需要补参数的配体的Gaussian计算log文件 选好高低层原子的gjf文件，命名中需要带“oniom”字样，有时配体需要补电荷的部分GV会自动给一些，需要全部删掉。 非必需： 自己提供resp电荷+原子名，力场信息，分

1.网站 Comprehensive Algorithm for Researching Pharmaceuticals Comprehensive Algorithm for virtual screening and target prediction CARP是“鲤鱼”的意思，吉祥美好，同时谐音“靠谱”，故选用该名。 D3CARP Server (d3pharma.com) 内部网站包括了处

1.概览 首先需要准备蛋白和配体/化合物库，包括补链，加氢，优化等。 如有晶体结构，首先进行对接复现晶体结构，以确定对接参数，再进行虚筛； 如果没有晶体结构，但是知道口袋位点，可以考虑直接虚筛，然后使用进行可靠性评价。不清楚口袋位点或是蛋白柔性比较大的情况，需要结合MD等工具先探明结构，过程复杂，以后可以单独开一章，所以这部分内容就不在本篇教程中包含了。 SPECS库的分子比较大，结构不好看，同样

1.蛋白前处理 1.1补全侧链 PDB网站获得的结构往往发生残基缺失，需要进行补全。在使用同源建模。前者的好处是使用的晶体结构，更准确。后者虽然操作简便，但尽管同源建模和晶体结构RMSD很小，实际上有很多残基都会发生一定角度的偏离，有时会造成结果的定性错误。因此需要根据实际情况，选择使用的方法，有些问题可以使用同源建模（比如根本没解析晶体结构），有些问题建议使用晶体结构。 1.1.1同源建模

We usually use the Amber ff14 and Gaff force fields for the protein and the ligand, respectively, but any other force field can be in principle be used. In the RAMD procedure, RAMD simulations must