首先需要准备蛋白和配体/化合物库，包括补链，加氢，优化等。 如有晶体结构，首先进行对接复现晶体结构，以确定对接参数，再进行虚筛； 如果没有晶体结构，但是知道口袋位点，可以考虑直接虚筛，然后使用进行可靠性评价。不清楚口袋位点或是蛋白柔性比较大的情况，需要结合MD等工具先探明结构，过程复杂，以后可以单独开一章，所以这部分内容就不在本篇教程中包含了。

SPECS库的分子比较大，结构不好看，同样数量的分子对接较慢。 ChemDiv库分子数量多，但是结构整齐，对接起来较快。

虚筛时为了加快速度，可以先使用HTVS高通量，对打分较好的一批，如10万个分子或优于-7的，再次使用SP进行对接，后续甚至可以接着XP。

虚筛是为了寻找活性分子进行实验，得到先导化合物的。一般一次送样最多两百个化合物。

数据库拆分成了多个ligprep.maegz包，可根据大小给不同的CPU数量。

 若存在问题，则会弹出Protein Preparation-problem窗口，包括四个问题选项：原子类型（Atom Types）、侧链丢失信息（Missing Atoms）、原子位置冲突信息（Overlapping Atoms）、原子坐标改变（Alternate Positions）。 若有侧链丢失信息问题可点击Add Missing Side Chains来添加丢失残基，然后点击OK即可。 若是发生问题的部分不在活性口袋周围，不改变也可。 另外，我们也可以点击View Problem来随时查看结构问题。 

 一般只需设置receptor和site，用默认就可以。

 不关闭这个界面，回到薛定谔主界面，左键选择配体，即可自动生成盒子。

 基于实验数据、结构分析，认为一些相互作用对受体-配体相互作用很重要。把这些相互作用设为约束条件，在对接运算早期就排除不符合条件的相互作用。 

主要考察对接的配体是否符合与晶体结构一致。导出对接结果，pymol打开，观察重叠的好不好，也可以使用下面的脚本计算小分子之间的RMSD： rmsd_2_mol.py pymol file-run script 选择脚本所在位置，选中参考分子，对接分子分别为 obj01 obj02 rmsd_three obj01 obj02 即可计算出RMSD，2以内都还行，算的不准，做个参考即可，主要是观察。

如果分成多个ligand文件进行的，首先将所有HTVS文件夹下的所有pv.maegz（结果文件）复制到新的文件夹下（当然也可以不复制）

cp -r glide-dock_HTVS*/*pv.maegz new/ 

 使用glide_merge将文件中所有打分优于-7的结果，输出到新的test文件

glide_merge HTVS_analysis/* -c -7 -o score-7.maegz 

  注意：这里的打分是可调整的，一般至少要优于-7。调整打分的目标是使得符合要求的分子数满足接下来的任务需求（提高精度对接/送样……）

接下来使用canvas处理结果(24服务器上没有，23上有，也可以用本地的)

canvas 

 然而导入后docking score会变为重原子平均score，用maestro打开，table-右键export to canvas可以避免这个问题。 导入score-7.maegz，会报operation failed的错误（蛋白体系原子数目过多），不需理会，选择yes to all。 加载完成后全选表格所有，右侧选binary fingerprints，右键open，finger type选structural keys，其他不用改，create。选incorparate autamatically，设置cpu数量（跑得不慢，不需要太多核）。 完成后全选表格，右侧选Leader-Follow Clustering，右键open，fingerprint column选刚才生成的（默认是fp_maccs_01），cluster radius改为0.2（即相似度0.8以上的聚为一类），create cluster。这里未必选择这个聚类方法，只是这个方法能选阈值（吴乐云师姐）。 完成后全选，右键export to maestro。 maestro：tables，上方show family-canvas all。上方sort-勾选group entries by property before sorting-options-点击property项旁边的按钮，选择LFClust……:Cluster-ok。sort entries项点击add下，选docking score-sort all。 最上方select-select from groups-选择 entries in each group（每组选打分第一的）-select，导出保存maegz文件

打开2017版的maestro，打开所保存的文件，tables，全选，表格上的title，右键clear，最上方property-merge

  导出为maegz文件，pymol打开，设置一下显示格式，最后保存为pse文件，方便看结构。可以自己先看一遍，把明显不合理的结果去除。 右键export-export to canvas，上方tasks-properties-calculate-选择分子量，重原子计数，其他都不需要。incoprat automatically，计算。 完成后右键全选，导出为xlsx，选择需要导出的性质（一般需要包括分子量，logP，logS，IDNUMBER，score，重原子数）即可。 注意：仅有2017版本能导出带有结构的excel文件，需要win上安装这个版本的。目前在22224:/home/lywu/lywu/software有安装包。

注意：4.2和4.3中使用maestro和canvas处理数据，但是经常会有bug，建议每步检查一下docking score，有时会出现导入导出问题，需要灵活应对，在服务器2018版和本地2017版，maestro和canvas中灵活export。

本教程参考，引用了来自张建芳师姐，韩家鑫师兄的教程，同时，周兆寅师弟对原有方法做出了更新，并提供了大量实际指导。