pengziyu @pengziyu

import parmed as pmd def amber_to_gmx(prmtop_file, inpcrd_file, top_file, gro_file): """ Convert AMBER parameter and coordinate files to GROMACS format. Parameters: prmtop_file (str)

最好单独建一个文件夹，会输出很多文件 nohup mpirun -np 16 MMPBSA.py.MPI -O -i mmgbsa.in -o mmgbsa.dat -cp native.prmtop -rp pro.prmtop -lp lig.prmtop -y dry-align.xtc -eo mmgbsa.csv & awk -F ' ' '$28<-1 {print}' FIN

1、轨迹进行对齐、修复和分析 cd md/analysis gmx_mpi trjconv -f 1/md.xtc -s 1/md.tpr -n ../pre-equ_5xvg-t28/index.ndx -o dry.xtc -pbc mol -ur compac (处理分子动力学模拟后的轨迹数据，去除或修复由于周期性边界条件造成的分子断裂，并且可能会用来去除溶剂或其他不需要的分子（如

conda activate ambertools tleap source leaprc.protein.ff19SB source leaprc.phosaa10 source leaprc.gaff2 source leaprc.water.opc loadamberparams /home/lywu/pengziyu/0103/t28-2/lig_4zy4-t

在mdp文件中 dt=a 这意味着每一步模拟的时间为a ps（皮秒）。 nsteps=b 总步数为b步，模拟时间为 a b ns（通过 nsteps dt 计算） dt=0.002: 这意味着每一步模拟的时间为 0.002 ps（皮秒）。 nsteps=100000000: 总步数为 100,000,000 步，模拟时间为 200 ns（通过 nsteps dt 计算）

conda activate ambertools tleap source leaprc.gaff2 source leaprc.water.opc loadamberparams /home/lywu/pengziyu/0103/t28-2/lig_4zy4-t28.frcmod loadamberprep /home/lywu/pengziyu/0103/t28-2/

conda activate ambertools tleap source leaprc.protein.ff19SB source leaprc.water.opc pro = loadpdb /home/lywu/pengziyu/0103/pre_protein/4zy4_pred.pdb saveamberparm pro pro.prmtop pro.inpcrd s

gpu4n （课题组主要生产力之一 GPU）三块GPU（已搭建环境pzy） 172.21.85.9 chpeng P@ssw0rddddc part2跑完，现在在跑part5 ### 查看GPU使用情况 nvidia-smi ### 指定某块GPU（默认0盘） export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 export CUDA_VISIBLE_DEVICES=1 ex