4zy4空蛋白0107

conda activate ambertools
tleap
source leaprc.protein.ff19SB
source leaprc.water.opc 


pro = loadpdb /home/lywu/pengziyu/0103/pre_protein/4zy4_pred.pdb
saveamberparm pro pro.prmtop pro.inpcrd
savepdb pro pro-dry.pdb


charge pro
solvatebox pro OPCBOX 12
addionsrand pro Na+ 16


saveAmberParm com complex.prmtop complex.inpcrd
savePdb com complex.pdb
quit

# AMBER 参数转 GMX 参数
#进入python 
import parmed as pmd
amber = pmd.load_file('complex.prmtop','complex.inpcrd')
amber.save('gmx.top')
amber.save('gmx.gro')

; Include Position restraint file
 #ifdef  POSRES
 #include "posre1.itp
 #endif

source ~/.gmx2022.5-remd.sh
gmx_mpi genrestr -f gmx.gro -o posre1.itp
cp posre1.itp posre2.itp

体系平衡

mkdir pre-equ
mkdir em nvt npt mdp
cp /home/databank/lywu/vsremd_plus/protein-ligand/trypsin-benzamidine/pre-equilibrium/mdp-file/* ./mdp/


cp ../gmx.gro ./


### 能量最小化 在em/
gmx_mpi grompp -f ../mdp/em.mdp -c ../gmx.gro -r ../gmx.gro -p ../gmx.top -o em.tpr 
nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm em &


### 等温等容预平衡 在nvt/
gmx_mpi grompp -f ../mdp/nvt.mdp -c ../em/em.gro -r ../em/em.gro -p ../gmx.top -o nvt.tpr
nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm nvt &
cd ../


### 等温等压预平衡 在npt/
gmx_mpi grompp -f ../mdp/npt.mdp -c ../nvt/nvt.gro -r ../nvt/nvt.gro -p ../gmx.top -o npt.tpr
nohup  mpirun -np 100 gmx_mpi mdrun -v -deffnm npt &

# 检查 npt.gro 的构象