搭建D3AI(Red Hat/CentOS 系列:)
gpu4n (课题组主要生产力之一 GPU)三块GPU(已搭建环境pzy)
172.21.85.9
chpeng
- part2跑完,现在在跑part5
- ### 查看GPU使用情况
- nvidia-smi
- ### 指定某块GPU(默认0盘)
- export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0
- export CUDA_VISIBLE_DEVICES=1
- export CUDA_VISIBLE_DEVICES=2
- export LD_LIBRARY_PATH=~/anaconda3/envs/pzy/lib:$LD_LIBRARY_PATH #跑前应该指定环境,否则报错
172.21.75.1 (从172.21.85.2里转连接,ssh 172.21.75.1)
dddc
dddc1201
- part3跑完,在跑part6.smi(:%s/ \+/\t/g)
22208 (已存在pytorch_gpu)
172.21.85.3
yqyang
dddc1201
- yqyang 正在跑part1.smi
- 总是会停 nohup sh TARGE.sh >> nohup.out 2>&1 &
jawang
123456
22207 (112)
22
172.21.85.11
g16
dddc1201
- 正在跑part4 还有1000多
22205
22
172.21.85.13
zjxu :dddc1205
zqchen:czq1201
- 已复制 正在建立
22206
22
172.21.85.14
dddc
dddc1205
- 已复制正在建立
22217
22
172.21.85.4
jawang
P@ssw0rddddc
22218
22
172.21.85.5
jawang
P@ssw0rddddc
22202 (容易断开)
22
172.21.85.12
zjxu
dddc1205
- 无法与85.3连接ssh
22210 (GPU: 3090) 一块GPU(正在搭建GPU)
172.21.85.2
dddc
dddc1201
- 少matplotlib 特别慢
22212 (80)
22
172.21.85.15
jawang
P@ssw0rddddc
- 无法登录
22209
22
172.21.85.1
jawang
- 无法连接
22201
172.21.85.17
zjxu
dddc1205
- 没有储存空间
22216
172.21.85.10
jawang
P@ssw0rddddc
- 已复制 正在搭建 pzy环境无法创造很慢
- scp -r yqyang@172.21.85.3:"/home/yqyang/DDB-AI/" "/home/dddc/Pzy/"
- scp -r zjxu@172.21.85.13:"/home/zjxu/pengziyu/test/" ./
- python=3.6.13
- numpy : pip install numpy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple --trusted-host pypi.tuna.tsinghua.edu.cn
- torch : pip install torch -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple --trusted-host pypi.tuna.tsinghua.edu.cn
- tqdm : pip install tqdm -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple --trusted-host pypi.tuna.tsinghua.edu.cn
- pandas: pip install pandas
- sklearn:pip install scikit-learn
- lifelines: pip install lifelines
- prettytable: pip install prettytable
- pip install descriptastoruss
- pip install subword_nmt
- pip install wget
- pip install tensorboard
- rdkit: conda install -c conda-forge rdkit
- pip install rdkit
- matplotlib: conda install matplotlib
- conda install -c conda-forge openbabel
- 哪台服务器
- export | grep LD_LIBRARY_PATH | grep /anaconda3/envs/pzy/lib
- export LD_LIBRARY_PATH=~/anaconda3/envs/pzy/lib:$LD_LIBRARY_PATH
- strings /home/chpeng/anaconda3/pkgs/libstdcxx-ng-12.2.0-h46fd767_19/lib/libstdc++.so.6.0.30 | grep GLIBCXX
- lsb_release -a 看版本小于7就不行
- ls /home/g16/anaconda3/envs/pzy/lib/python3.12/ 看包里有什么
- conda list 看该环境下有哪些包
服务器 | CPU | GPU | Gaussian | gmx | amber | acpype | Mdtraj | PyMOL | ifort | maestro | obabel | smina | rosetta | Autodock CrankPep | |
22201? | 64 | / | 172.21.85.17 满了 太老 | g16 | / | / | 11.5.011 | 2.4.1 | √ | ||||||
22202 | 64 | / | 172.21.85.12 无法复制太老 | g16 | / | amber16 | 10.2.010 | 2.4.1 | √ | ||||||
22205 | 32 | / | 172.21.85.13 在建 太老 | g16 | / | / | base/pisco.fitting | 10.2.010 | 3.1.0 | √ | |||||
22206有机会 | 40 | / | 172.21.85.14 在建 很慢 不老 进入不了环境 | g16 | / | / | base/pisco.fitting | 11.5.011 | |||||||
22207在跑 | 112 | / | 172.21.85.11 在跑 | g16 | / | / | 11.5.011 | 3.1.0 | √ | ||||||
22212 | 80 | / | 172.21.85.15 无法登录 | g09 | vsREMD | amber12 | |||||||||
22208在跑 | 24 | 2*1080 | 172.21.85.3 在跑 | g09 | gmx514 | amber20 | 11.5.011 | 3.1.0 | / | ||||||
22209 | 24 | TitanX | 172.21.85.1 无法登录 | g09 | gmx514 | amber16 | √ | base/pisco.fitting | |||||||
22210有机会 | 24 | 2080ti | 172.21.85.2 卡慢 有机会 | g09 | gmx514 | amber16 | |||||||||
22216 | 24 | K40m | 172.21.85.10 老 | g09 | gmx514 | amber16 | / | ||||||||
22217 | 32 | 1080 | 172.21.85.4 无法登录 | g09 | gmx514 | amber16 | √ | / | |||||||
22218 | 32 | 2*1080 | 172.21.85.5 太老 | g09 | vsREMD | amber16 | / | ||||||||
22219 | 32 | 1080 | 172.21.85.6 无法登录 | g09,g16 | gmx514 | amber18 | √ | / | |||||||
22220 | 32 | 1080 | 172.21.85.7 老 | g09,g16 | gmx514 | amber16 | / | ||||||||
22221有机会 | 32 | 1080ti | 172.21.85.8 | g09, g16 | gmx514 | amber20 | √ | √ | base/pisco.fitting | 19.0.5.281 | 10.2.010 | / | / | 2019 | |
gpu4n在跑 | 40 | 3*V100 | 172.21.85.9在跑 | g09, g16 | gmx-2019 | amber18 | √ | base/pisco.fitting | 17.0.8 | 1.0 | |||||
22223任务太多 | 256 | g16 | 11.5.011 | √ | 2021 | ||||||||||
75.1在跑 | 172.21.75.1在跑从85.2迁过去 |
nohup sh /home/zjxu/rtluo/D3CARP/docking/IH764-3/1-Docking_TP.sh -l /home/zjxu/rtluo/D3CARP/docking/IH764-3/IH764-3.mol2 -t /home/zjxu/ylshi/RAFT/Docking/Protein/716-PDB.list -c 16&