搭建D3AI(Red Hat/CentOS 系列:)

gpu4n (课题组主要生产力之一 GPU)三块GPU(已搭建环境pzy)
172.21.85.9
chpeng
  • part2跑完,现在在跑part5
  • ### 查看GPU使用情况
  • nvidia-smi
  • ### 指定某块GPU(默认0盘)
  • export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0
  • export CUDA_VISIBLE_DEVICES=1
  • export CUDA_VISIBLE_DEVICES=2

  • export LD_LIBRARY_PATH=~/anaconda3/envs/pzy/lib:$LD_LIBRARY_PATH #跑前应该指定环境,否则报错
172.21.75.1 (从172.21.85.2里转连接,ssh 172.21.75.1)
dddc
dddc1201
  • part3跑完,在跑part6.smi(:%s/ \+/\t/g)
22208 (已存在pytorch_gpu)
172.21.85.3
yqyang
dddc1201
  • yqyang 正在跑part1.smi
  • 总是会停 nohup sh TARGE.sh >> nohup.out 2>&1 &
jawang
123456
22207 (112)
22
172.21.85.11
g16
dddc1201
  • 正在跑part4 还有1000多
22205
22
172.21.85.13
zjxu :dddc1205
zqchen:czq1201
  • 已复制 正在建立 
22206
22
172.21.85.14
dddc
dddc1205
  • 已复制正在建立
22217
22
172.21.85.4
jawang 
P@ssw0rddddc
22218
22
172.21.85.5
jawang 
P@ssw0rddddc
22202 (容易断开)
22
172.21.85.12
zjxu
dddc1205
  • 无法与85.3连接ssh
22210 (GPU: 3090) 一块GPU(正在搭建GPU)
172.21.85.2
dddc
dddc1201
  • 少matplotlib 特别慢
22212 (80)
22
172.21.85.15
jawang 
P@ssw0rddddc
  • 无法登录
22209
22
172.21.85.1
jawang 
  • 无法连接
22201
172.21.85.17
zjxu
dddc1205
  • 没有储存空间
22216
172.21.85.10
jawang 
P@ssw0rddddc
  • 已复制 正在搭建 pzy环境无法创造很慢
  • scp -r yqyang@172.21.85.3:"/home/yqyang/DDB-AI/" "/home/dddc/Pzy/"
  • scp -r zjxu@172.21.85.13:"/home/zjxu/pengziyu/test/" ./
  • python=3.6.13
  • numpy : pip install numpy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple --trusted-host pypi.tuna.tsinghua.edu.cn

  • torch : pip install torch -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple --trusted-host pypi.tuna.tsinghua.edu.cn

  • tqdm : pip install tqdm -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple --trusted-host pypi.tuna.tsinghua.edu.cn

  • pandas: pip install pandas
  • sklearn:pip install scikit-learn
  • lifelines: pip install lifelines
  • prettytable: pip install prettytable
  • pip install descriptastoruss
  • pip install subword_nmt
  • pip install wget
  • pip install tensorboard



  • rdkit: conda install -c conda-forge rdkit
  •     pip install rdkit
  • matplotlib: conda install matplotlib
  • conda install -c conda-forge openbabel

  • 哪台服务器
  • export | grep LD_LIBRARY_PATH | grep /anaconda3/envs/pzy/lib
  • export LD_LIBRARY_PATH=~/anaconda3/envs/pzy/lib:$LD_LIBRARY_PATH
  • strings /home/chpeng/anaconda3/pkgs/libstdcxx-ng-12.2.0-h46fd767_19/lib/libstdc++.so.6.0.30 | grep GLIBCXX
  • lsb_release -a 看版本小于7就不行
  • ls /home/g16/anaconda3/envs/pzy/lib/python3.12/ 看包里有什么
  • conda list 看该环境下有哪些包
服务器CPUGPUGaussiangmxamberacpypeMdtrajPyMOLifortmaestroobabelsminarosettaAutodock CrankPep
22201?64/172.21.85.17 满了 太老g16//11.5.0112.4.1
2220264/172.21.85.12 无法复制太老g16/amber1610.2.0102.4.1
2220532/172.21.85.13 在建 太老g16//base/pisco.fitting10.2.0103.1.0
22206有机会40/172.21.85.14 在建 很慢 不老 进入不了环境g16//base/pisco.fitting11.5.011
22207在跑112/172.21.85.11 在跑g16//11.5.0113.1.0
2221280/172.21.85.15 无法登录g09vsREMDamber12
22208在跑242*1080172.21.85.3 在跑g09gmx514amber2011.5.0113.1.0/
2220924TitanX172.21.85.1 无法登录g09gmx514amber16base/pisco.fitting
22210有机会242080ti172.21.85.2 卡慢 有机会g09gmx514amber16
2221624K40m172.21.85.10 老 g09gmx514amber16/
22217321080172.21.85.4 无法登录g09gmx514amber16/
22218322*1080172.21.85.5 太老g09vsREMDamber16/
22219321080172.21.85.6 无法登录g09,g16gmx514amber18/
22220321080172.21.85.7 老g09,g16gmx514amber16/
22221有机会321080ti172.21.85.8g09, g16gmx514amber20base/pisco.fitting19.0.5.28110.2.010//2019
gpu4n在跑403*V100172.21.85.9在跑g09, g16gmx-2019amber18base/pisco.fitting17.0.81.0
22223任务太多256g1611.5.0112021
75.1在跑172.21.75.1在跑从85.2迁过去
nohup sh /home/zjxu/rtluo/D3CARP/docking/IH764-3/1-Docking_TP.sh -l /home/zjxu/rtluo/D3CARP/docking/IH764-3/IH764-3.mol2 -t /home/zjxu/ylshi/RAFT/Docking/Protein/716-PDB.list -c 16&