pengziyu @pengziyu

小激酶谱预测（85.13） 85.13 D3Docking： 85.13： "/home/zjxu/pengziyu/250516-t24nohup/" 按照DockingScore排序，PAK1排名第103/150，PAK4排名第122/150 按照2D Similarity排序，PAK1 53/150, PAK4 146/150 按照3D Similarity排序，PAK1 30/15

#- o 参数文件可以使用第一帧蛋白ref.pdb，也可使用md.tpr,md.gro #-pbc参数文件可以使用mol gmx_mpi make_ndx -f ../md.gro -o index.ndx echo 19|gmx_mpi trjconv -s ../md.tpr -f ../md.xtc -n index.ndx -o ref.pdb -pbc mol -ur compac

85.24 antechamber -i docking_4zy4-t28.sdf -fi sdf -o lig.gjf -fo gcrt -at gaff2 -gn "%nproc=4" -gm "%mem=4GB" -gk "#B3LYP/6-31G em=gd3bj pop=MK iop(6/33=2,6/42=6) opt" -rn MOL -nc 1 nohup g16 lig.

配体准备 # 22224 # 172.21.85.24 # 使用薛定谔优化结构（图形化界面操作） # pH = 8.0，手性从3D结构定（晶体结构），力场为2017版的默认力场OPLS3 conda activate ambertools # 高斯优化 # 注意检查体系的电荷和自选多重度(eg.将T3的gjf电荷0 1改为1 1) antechamber -i lig.s

尊敬的各位同学，大家晚上好！ 我是朱维良课题组的彭紫玉。今天，我非常荣幸能够在这里竞选发展对象。这不仅是一次思想的升华，更是一次初心的坚定。我深知，成为一名共产党员意味着更高的标准和更大的责任，我愿意接受党组织的考验，不断锤炼自己，努力成长为一名真正合格的共产党员。 中国共产党是伟大事业的引领者，是实现中华民族伟大复兴的核心力量。党的二十大报告提出，要以中国式现代化推进中华民族伟大复兴。作为新时代

第一步：在pdb蛋白库中选择适合体系的蛋白质晶体结构 第二步：将晶体结构中的小分子扣出，和蛋白进行对接，如果小分子的构象和原来的晶体结构里的构象相差不大（一般默认rmsd<0.2）,那么我们认为可以用该模型去做对接实验 第三步：打开薛定谔Glide模块去对接 3.1小分子配体的优化：输入小分子配体结构（sdf或mol2格式），选择力场，设置pH值（7.4）进行优化 3.2蛋白准备：导入蛋白结构

http://go.simm.ac.cn/wifi http://172.21.10.88:8080/portal/templatePage/20210706125039542/login_custom.jsp

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