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  • MD
    配体准备 # 22224 # 172.21.85.24 # 使用薛定谔优化结构（图形化界面操作） # pH = 8.0，手性从3D结构定（晶体结构），力场为2017版的默认力场OPLS3 conda activate ambertools # 高斯优化 # 注意检查体系的电荷和自选多重度(eg.将T3的gjf电荷0 1改为1 1) antechamber -i lig.s
    PAK4课题 2026-09-04 19:31:03    pengziyu
  • 华理组内服务器管理 2026-08-22 10:30:55    pengziyu
  • 华理服务器细则 2026-08-22 10:25:04    pengziyu
  • 172.21.43.20
    华理服务器细则 2026-08-22 10:24:33    pengziyu
  • https://jianguoyun.simm.ac.cn/p/De1X5bQQuQUYnhM#/files/SimmOne%20VPN
    周报 2026-07-09 10:31:28    pengziyu
  • MD轨迹-可视化
    1、轨迹进行对齐、修复和分析 cd md/analysis gmx_mpi trjconv -f 1/md.xtc -s 1/md.tpr -n ../pre-equ_5xvg-t28/index.ndx -o dry.xtc -pbc mol -ur compac (处理分子动力学模拟后的轨迹数据，去除或修复由于周期性边界条件造成的分子断裂，并且可能会用来去除溶剂或其他不需要的分子（如
    PAK4课题 2026-04-09 19:49:20    pengziyu
  • 配体准备
    # 22224 # 172.21.85.24 # 使用薛定谔优化结构（图形化界面操作） # pH = 8.0，手性从3D结构定（晶体结构），力场为2017版的默认力场OPLS3 conda activate ambertools # 高斯优化 # 注意检查体系的电荷和自选多重度(eg.将T3的gjf电荷0 1改为1 1) antechamber -i lig.sdf -fi
    PAK4课题 2026-02-02 14:41:05    pengziyu
  • MD轨迹-计算RMSD
    #- o 参数文件可以使用第一帧蛋白ref.pdb，也可使用md.tpr,md.gro #-pbc参数文件可以使用mol gmx_mpi make_ndx -f ../md.gro -o index.ndx echo 19|gmx_mpi trjconv -s ../md.tpr -f ../md.xtc -n index.ndx -o ref.pdb -pbc mol -ur compac
    PAK4课题 2025-12-17 12:24:04    pengziyu