MD参数设置

在mdp文件中
  • dt=a  这意味着每一步模拟的时间为a ps（皮秒）。
    • 

  • nsteps=b   总步数为b步，模拟时间为 a*b ns（通过 nsteps * dt 计算）
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  • dt=0.002: 这意味着每一步模拟的时间为 0.002 ps（皮秒）。
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  • nsteps=100000000: 总步数为 100,000,000 步，模拟时间为 200 ns（通过 nsteps * dt 计算）
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  • nstxtcout: 控制压缩的轨迹文件（.xtc） 的输出频率，指定每多少步保存一次压缩轨迹文件。
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  • nstxtcout = 1000 表示每1000步就保存一次压缩轨迹文件（.xtc）